البابا اهتم بالتعليم وانشأ معهدا لدراسة الكتاب المقدس

البابا شنودة كان اول البطاركة الذين اهتموا بالتعليم الكنسى فكان اول بابا ينشئ معهدا للرعاية ومعهدا للكتاب المقدس ويحصل على أربع دكتوراة في العلوم اللاهوتية والعلوم الإنسانية.
كما فتح الباب فى مجلة الكنيسة (مجلة الكرازة) للمرآة سمح للباحثة نبيلة ميخائيل يوسف منذ سنة 1975 بكتابة باب روائع العلم وإلى الوقت الحاضر وهي نفسها أول امرأة عضوة في المجلس الملي العام منذ عام 1989 وإلى الآن..وفى عهده زادت إلايبارشيات كما تم إنشاء عدد كبير من الكنائس خارج مصر وكان أول بابا منذ القرن الخامس يختار من أساتذة الكلية الإكليركية، واستمر بعد سيامته في إلقاء الدروس بالإكليركية وإدارتها، واسس 7 فروع للإكليركية بداخل البلاد وفي بلاد المهجر.
كما كان البابا شنودة أول بابا يرأس ويؤسس مجلة أسبوعية ويكون عضوا بنقابة الصحفين و أول بابا يواظب على إلقاء 3 محاضرات أسبوعيا بالقاهرة والإسكندرية بخلاف اجتماعاته الشهرية مع الخدام والكهنة والجمعيات.
كما انه أول بابا منذ 15 قرناً يزور كرسي روما وكرسي القسطنطينية.وكان اول بابا يؤسس كنائس قبطية أرثوذكسية في كينيا وزاميبيا وزيمبابوي وجنوب أفريقيا. يقوم بزيارات إلى بلاد أفريقية لم يزورها أحد الباباوات من قبل مثل زائير والكونجو وقام برسامة كهنة أفارقة لرعاية الكنائس في بلادهم. و أول بابا يقوم برسامة أسافقة بريطانيين وفرنسيين لرعاية رعاياهم المنضمين إلى كنيستنا القبطية الأرثوذكسيه أول بابا يقوم برحلات رعوية لزيارة وافتقاد الأقباط في أمريكا وأستراليا وأوروبا واسس أديره في أمريكا وأستراليا وألمانيا وإيطاليافروعاً للكلية الإكليريكية في أمريكا وأستراليا واسس أسقفيات في إنجلترا وأمريكا ويرسم لها اساقفة.و أول بابا يصير أحد رؤساء مجلس الكنائس العالمي.
كما كان البابا شنودة اول بابا يضع لائحة للمجمع المقدس عام 1085 وكان أول بابا يوقع اتفاقيات مشتركة مع الكاثوليك ومع الأرثوذكس ومع الكنيسة الإنجليكانية وغيرها من الكنائس.
كما كان أول بابا يقيم حفلات إفطار رمضانية لكبار المسئولين بالدولة منذ عام 1986 بالمقر البابوي وتبعته في ذلك معظم الإيبارشيات. كما كان يحضر حفلات إفطار رمضانية تقيمها وزارة الأوقاف ويشارك بنفسه في جميع المؤتمرات والأحداث الهامة بالدولة.