أثارت مشاركة الدكتور سعد الدين إبراهيم، مدير مركز ابن خلدون، في ندوة عقدت بجامعة في تل أبيب بإسرائيل، ونشر فيديوهات له خلال حديثه عن القضية الفلسطينية وثورات مصر على مواقع التواصل الاجتماعي والقنوات الفضائية، غضب كثيرين من أعضاء مجلس النواب، وطالبوا بمحاكمته عن "الكارثة الكبرى". النائب أحمد يوسف، عضو مجلس النواب، اعترض على حضور إبراهيم، ندوة بجامعة في تل أبيب، مطالبا بمحاكمته؛ لأن يسيء للدولة المصرية والدول العربية، كما طالب بمنعه من الظهور على القنوات الفضائية، مضيفا ل"البديل": "يوسف زيدان أثار الجدل قبل أيام بسبب تصريحه بأن المسجد الموجود في مدينة القدس ليس المسجد الأقصى، والآن نفاجئ بظهور سعد الدين إبراهيم في إسرائيل، أنهم يرتكبون أخطاء كارثية، ولابد أن تتخذ الدولة موقفًا حازما لوقف هذا العبث الذي يحدث في وقت حرج". وتسأل النائب محمد دسوقي، عن سبب قبول مدير مركز ابن خلدون زيارة إسرائيل في الوقت الحالي، في ظل ما حدث بين مصر وأمريكا في مجلس الأمن بسبب القضية الفلسطينية ونقل السفارة للقدس المحتلة؟قائلا ل"البديل"، أن مزاعم يوسف زيدان عن القدس والمسجد الأقصى، وذهاب سعد الدين إبراهيم لإسرائيل في وقت العلاقات المصرية الإسرائيلية الأمريكية متوترة في جزء من مخططات الإعلام الصهيوني لإحراج مصر وإحداث بلبلة في المجتمع الداخلي، ولابد من محاسبتهم. وطالب طارق رضوان، رئيس لجنة العلاقات الخارجية بمجلس النواب، وزارة الخارجية والجهات المعنية بالتحقيق في مشاركة الدكتور سعد الدين إبراهيم، مدير مركز ابن خلدون، في ندوة عن الثورات المصرية بجامعة في تل أبيب؛ لأنها تسيء للدبلوماسية المصرية، متوقعًا أن يكون سافر إلى إسرائيل بجواز أمريكي، وليس مصريا، وأن "خارجية البرلمان" ليست المختصة بمحاسبة. وأكد عضو لجنة العلاقات الخارجية بمجلس النواب، أن مشاركة رئيس مركز بن خلدون بهذه الندوة أساءت لمصر، ويجب الرد عليها بكل قوة من الجهات المعينة، مضيفًا ل"البديل": "تصرفات سعد الدين إبراهيم باتت غير مفهومة"، خاصة أنه عرض مؤخرًا، فكرة التصالح مع الإخوان. واعتبر إيهاب الغطاطي، عضو مجلس النواب عن ائتلاف "دعم مصر"، مشاركة الدكتور سعد الدين إبراهيم، في ندوة عن الثورات المصرية بجامعة في تل أبيب "كارثة كبرى"، قائلا: "كان عليه الأخذ في الاعتبار مشاعر العرب وخاصة الفلسطينيين، بعد قرار الرئيس الأمريكي ترامب نقل السفارة الأمريكية إلى القدس." ندوة إبراهيم وتصريحات زيدان شارك سعد الدين إبراهيم، رئيس مركز ابن خلدون، في الندوة التي تنظمها جامعة تل أبيب بعنوان "الاضطرابات السياسية في مصر: نظرة جديدة على التاريخ"؛ تناولت الأوضاع في مصر، والثورات ما بين عامي 1919 حتى ثورة 30 يونيو، وحضر الندوة حاييم كورن السفير الإسرائيلي السابق لدى القاهرة، وشيمون شامير أستاذ دراسات الشرق الأوسط. وهاجم بعض الحضور سعد الدين إبراهيم، أثناء شرحه لما حدث في مصر، وقاطعه بعض الشباب، مرددين اتهامات ب"التطبيع والخيانة" للقضية الفلسطينية، تاركين القاعة وعدم استكمال الندوة. ومنذ عدة أيام، قال الكاتب يوسف زيدان، في لقاء تليفزيوني إن المسجد الموجود في مدينة القدس ليس هو المسجد الأقصى ذا القدسية الدينية الذي ذُكر في القرآن، والذي أسري بالرسول إليه، بل هو مسجد قريب من المدينة في منطقة يطلق عليها الجعرانة.