اعتمدت الجمعية العمومية للأطباء ميزانية عام 2016 وذلك عقب عرض ملاحظات الجهاز المركزى للمحاسبات. وذكر ممثل الجهاز المركزى للمحاسبات عدة ملاحظات منها المغالاه فى فرض النقابة لرسوم على المنشأت وطالبتها بضرورة إصدار تشريع قانونى بهذه الرسوم بسبب رصد عددا من الشكاوى. كما طالب الجهاز المركزى للمحاسبات بضرورة فصل الحسابات المالية للجنة مصر العطاء عن حسابات النقابة العامة للأطباء ودعت إلى ضرورة زيادة الحملة الإعلانية بسبب ضعف أموالها. وردا على هذه الملاحظات قال الدكتور محمد عبد الحميد أمين صندوق النقابة العامة للأطباء أن النقابة خاطبت وزير الصحة لاعتماد قرارات الجمعية العمومية وضرورة مخاطبة مجلس النواب بإصدار تشريع لهذه الرسوم إلا أن وزير الصحة لم يقوم بذلك حتى الآن، لافتا أن النقابة ستسعى إلى الربط الإلكترونى للجنة مصر العطاء بحيث يتم تسجيل المواطنين بالرقم القومى بدلا من الاسم مثل الشبكة الإلكترونية للأطباء مؤكدا أن لجنة مصر العطاء تقوم بخدمة المواطنين وليس الأطباء وتقدم تبرعاتها 90% فى الداخل و10% فقط بالخارج. وأشار أمين الصندوق أن النقابة ستسعى إلى القيام بفصل حسابات لجنة مصر العطاء عن النقابة العامة.