أصدر الأزهر الشريف الأحد بيانًا في مؤتمر صحفي ينعي فيه قداسة البابا شنودة الثالث قال فيه: "فقدت مصر أحد كبار رجالاتها المرموقين في ظروف دقيقة بالغة الحساسية، ذلكم هو الفقيد الكبير والصديق الحميم والحَبر الأعظم قداسة البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية بطريرك الكرازة المرقسية". والأزهر الشريف بكل مؤسساته الكبري وفي مقدمتها: المجلس الأعلي للأزهر ومجمع البحوث الإسلامية وجامعة الأزهر وبيت العائلة إذ يقدمون عزاءهم في فقيد مصر العزيز فإنهم يذكرون للراحل الكبير مواقفه الوطنية الكبري وحبه الخالص لمصر وللمصريين جميعًا وحرصه الشديد البالغ علي إقرار السلم والأمن الاجتماعي بين أبناء الوطن الواحد والأمة الواحدة، كما يذكرون صموده الذي لم يتزعزع لمكافحة نوازع الشر والكراهية والبغضاء. والأزهر وإن كان يشعر بخسارة كبري ومصيبة فادحة لفقد هذا الرمز الوطني الكبير فإنه يرجو من الله تعالي أن يقيض لمصر والمصريين من يحمل شعلة السلام ويواصل رسالة الفقيد الراحل بما يعود علي مصر بمزيد من المحبة والمودة والأخوة والسلام. ويذكر الأزهر بكل الإكبار والإجلال والتقدير موقفه الرائع من قضية القدس الشريف وفلسطين العربية وصلابته في الدفاع عنها وعن تاريخها ومقدساتها. عوض الله شعب مصر أقباطا ومسلمين خيرًا عن ذلك الرمز الوطني الذي تداعت لوفاته أفئدة المصريين وقلوبهم .. حمي الله مصر العزيزة وحفظ وَحدة شعبها ورجالاتها المخلصين.