البابا تواضروس اصدر الرئيس محمد مرسي القرارالجمهوري رقم 355 لسنة 2102 بتعيين الانبا تاوضروس الثاني بابا الاسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية حسب نص لائحة 5791.. فقد فجر المستشار نجيب جبرائيل رئيس منظمة الاتحاد المصري لحقوق الانسان قضية، هل وقع الدكتور مرسي في ذات الخطأ القانوني الذي وقع فيه الرئيس الراحل انور السادات موضحا ان البابا لا يعين بقرار جمهوري وإنما هو منتخب ومختار بالقرعة الهيكلية واكد ان لجنة الترشيحات ارسلت محضرا نتيجة الانتخابات مرفقا به طلب للرئيس بالتصديق علي انتخاب البابا الجديد الا ان رد الرئاسة جاء بقرار تعيين وليس تصديقا واضاف انه يتعين ان يأتي نص القرار بالتصديق علي انتخاب البابا تاوضروس الثاني ليكون بابا الاسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية لان من يملك التعيين يملك الاقالة او العزل واضاف ان هذه الاشكالية وقع فيها الرئيس الراحل انور السادات حينما اصدر قرارا بالغاء القرار الجمهوري بتعيين البابا شنودة وعزله وفي هذا الوقت ثار الاقباط غضبا واعتبروه قرارا عديم الجدوي لان البابا هو مختار من السماء ولا يمكن لاحد عزله.. في حين أكد الانبا مرقس اسقف شبرا الخيمة ان قرار الرئيس مرسي بتعيين الانبا تاوضروس تقع اهميته في انه يعطي الصفة الرسمية للبابا الجديد للتعامل مع اجهزة الدولة مشيرا ان الرئيس لا يملك ان يرفض او يقبل القرار لان البابا تم انتخابه بالفعل من قبل جميع الاقباط الذين قبلوا بهذا الاختيار كما اعترفت به الكنيسة وبدء في تسيير اعمالها حتي قبل صدور قرار الرئاسة واضاف انه يرفض فكرة امكانية الرئيس لعزل البابا كما فعل السادات قائلا انه كان قرارا معيبا في ذلك الوقت ولا يجوز صدوره. اما الانبا بولا اسقف طنطا والمتحدث باسم لجنة الترشيحات فقال إن قرار التعيين جاء طبقا للائحة 1957 لانتخاب البطريرك والتي تنص المادة 18 منها علي صدور قرار جمهوري بتعيين البطريرك ويقوم القائم مقام البطريرك برسامته وفقاً لتقاليد الكنيسة.. واضاف انه حتي الان لم يصل قرار التعيين الي الكنيسة بشكل رسمي رغم نشره في وسائل الاعلام.