حملت جماعة الإخوان المسلمين الدولة أحداث انفجار كنيسة الإسكندرية، مؤكدا أن تدني الأوضاع الاجتماعية والاقتصادية والمعيشية إلي جانب ما أسمته بالمناخ السياسي الفاسد اتاح الفرصة لارتكاب هذه الجريمة من قبل جهات خارجية مشدده علي أن الاعتداء على حرمة الدماء غير المسلمة في المجتمع من أعظم الجنايات التي تقطع الجاني عن رحمة الله وقالت الجماعة في رسالتها الإعلامية الإسبوعية :إن الإقرار بدور الجهات الخارجية المعادية في إثارة الفتنة يجب ألا يشغلنا عن الإقرار بأن هذه الجهات في الأساس تستغل في تحقيق أهدافها الخبيثة تردي الأحوال السياسية الفاسدة والاقتصادية والمعيشية والاجتماعية المتدنية للمواطنين، وتستغل تزوير الانتخابات وشيوع ثقافة البلطجة، وإهدار الدولة لقيمة القانون والدستور، وتلاعب النظام الحاكم بالأحكام القضائية" بالإضافة إلي استمرار النظام فى تغليب الأمن السياسي لحماية النظام على الأمن القومي لحماية الأمة، وإغراق الأمة بالشهوات، ومحاربة التدين، وعدم الاعتناء بملء الفراغ الفكري والثقافي للشباب، مما يسهل عليه الانزلاق في الاستجابة لهذه المخططات الأثيمة، أو على الأقل يدفعه للسلبية واللامبالاة وضعف الانتماء للوطن الذي يحيا فيه. وحذرت الجماعة النظام من الاستمرار في سياسته قائلة :أن استمرار الاستبداد يحول المجتمع إلى جزر بشرية متصارعة، تشيع بينها الأنانيات الفردية، وتتمزق فيه شبكة العلاقات الاجتماعية، وتموت معنويات الأمة فلا تتحرك بقوة ويقظة في مواجهة عدو كما أن الاستبداد والظلم يقضي على القدرات العقلية والنفسية للأمة، ويفل من إرادتها وعزمها في التصدي لمحاولات الاختراق وإثارة الفتنة، ويحول الناسَ إلى شخصياتٍ ضعيفةٍ تهتم بذواتها ولو على حساب أوطانها، فلا هم يستطيعون المدافعةَ عن وطنهم، ولا هم يرغبون في ذلك. ومن هنا يتهدد الأمن القومي للأمة، ويطمع فيها أعداؤها. وطالبت الجماعة بعدم الفصل بين هذه الجريمة المنكرة وبين ما يجري من فتن تستهدف وحدة الأمة وتمزيق المنطقة وتقسيم دولها، وإشعال الحروب العرقية والطائفية والدينية بين أبنائها، كما هو الحال في العراق والصومال ولبنان. كما حذر الإخوان طرفي الأمة من الانجرار وراء دعوات الإثارة والنعرات الطائفية الضيقة وردات الفعل غير العاقلة بعد غضب الصدمة الأولى الذى قد نتفهم أسبابه. وأن يتم تغليب مصلحة الوطن على أية مصالح فئوية أو طائفية، وإن من أعظم الخطر أن تستدرج الأمة للوقوع فى الفخ الذي نصبه مرتكبو الجريمة من خلال اتهام عموم المسلمين بارتكاب الجريمة، أو أن يلعب الكارهون للمشروع الإسلامي بالنار من خلال استثمار الأجواء المشحونة للتحريض على المتدينين، والدعوة إلى الخلاص من الالتزام الديني فإن ذلك يستفز جماهير الأمة المعروفة بالتدين، ويعطي وقودا مغذيا للعنف والتطرف، ويمهد الأجواء لاستغلال القوى المعادية لطلب التدخل في شؤون الأمة وتنصيب نفسها مدافعا عن فئة من شعب مصر المتوحد