أكد د.على جمعة - مفتى الجمهورية، أن زيارته للمسجد الاقصى كانت بصفة شخصية وليست رسمية وبعيداً عن منصبه كمفتى للديار المصرية وعن مجمع البحوث الاسلامية بالأزهر الشريف، واصفاً الزيارة بأنها كانت "لدعم المقدسيين والشعب الفلسطيني والمسجد الأقصى والتعرف على المعاناة الشديدة التى يتعرضون لها". وأشار المفتى في مؤتمر صحفى عقده بمشيخة الأزهر عقب مشاركته في الاجتماع الطارىء لمجمع البحووث الاسلامية، أن وفد الأزهر في زيارته كان لتاكيد موقف الأزهر بعدم زيارة القدس والمسجد الاقصى تحت الاحتلال الاسرائيلي باعتبار ذلك نوعاً من التطبيع مع اسرائيل للحصول على تأشيرة لزيارتهما. وشدد جمعة على أن زيارته حالة خاصة به والنادر لا يُقاس عليه، ورفض اتهامه بالتخوين من بعض القوى الإسلامية والسياسية، مناشداً المسلمين جميعاً دعم الفلسطنيين والمقدسيين بكل الوسائل المادية والمعنوية والعمل على رفع الحصار المفروض عليهم وعلى المدينة المقدسة. وأوضح جمعة إنه لم يحصل على تأشيرة اسرائيلية أو أي تاشيرة لزيارة المسجد الاقصى، حيث إنها تمت بالتنسيق الكامل مع السلطات الأردنية التى اختارت له الزيارة، والتى أكد إنها كانت مفاجأة بالنسبة له؛ وفرصة شخصية للصلاة بالمسجد الاقصى لعظيم ثواب تلك الزيارة. وحول دعوات بعض القوى الاسلامية والسياسية لمحاسبته زيارته للأقصى قال جمعة "إنها مجرد آراء شخصية".