أعلنت مؤسسة الكنيسة في مصر عن عدم إقدامها على دعم مرشح بعينه للإنتخابات الرئاسية، وأنها سوف تترك الحرية كاملة لأبنائها في اختيار المرشح الذي يرتضونه رئيسًا للجمهورية، رافضة وجود أي نوع من الوصاية على الشعب الكنسي، يأتي هذا في الوقت الذي تردد فيه بقوة عن اتجاه الكنيسة لدعم واحد من الدكتور عمرو موسى، أو الفريق أحمد شفيق في الانتخابات الرئاسية، خاصة أن مجموعة من رجال الأعمال الأقباط يدعمون موسى. وكانت الكنيسة قد واجهت اتهامات كبيرة خلال الانتخابات البرلمانية الأخيرة في مصر تفيد أنها وزعت على أنصارها منشورات تحثهم بعدم دعم الاسلاميين في الانتخابات، والتصويت ل "الكتلة المصرية"، وهو الأمر الذي نفته الكنيسة آنذاك. وعلى الرغم من كون الكنيسة قد أكدت على أنها تقف على مسافة واحد بين كافة المرشحين للإنتخابات الرئاسية، إلا أن مصادر مطلعة من داخلها أكدت على أن هناك إتجاه من قبل عدد كبير من الشعب الكنسي لدعم الفريق أحمد شفيق أكرامًا للبابا شنودة الراحل، خاصة أنه كان على علاقة طيبه به، وكان يثق البابافيه ويقدره، ويذكره بالخير، بما يجعل البعض يلجأ لدعمه من أسفل المنضدة، إكرامًا لذكرى البابا، في الوقت الذي يرى فيه مجموعة كبيرة من شباب الكنيسة أن شفيق أحد المحسوبين على النظام السابق، ولا يمكن مبايعته رئيسًا لمصر أيا كانت الأسباب، خاصة أن ترشحه يعد إهدارًا لدماء الشهداء، وإعادة إفراز للنظام السابق في ثياب جديدة. وكانت الكنيسة قد أكدت على أنها تقف على مسافة واحدة من كافة المرشحين للإنتخابات الرئاسية الآن، وأنها ترحب بهم جميعًا داخلها لعرض وجهة نظرهم وبرامجهم ورؤيتهم للأوضاع في مصر، كما أنها لن تعلن دعمها لمرشح معين، وسوف تترك الحرية كاملة للأقباط المصريين في دعم من يرتضونه رئيسًا. يأتي هذا في الوقت الذي ألمح فيه مجموعة من رجال الأعمال الأقباط عن ارتياحهم للدكتور عمرو موسى، فقال المهندس نجيب ساويرس عن موسى أن مجتمع الاعمال يدعمه، كما أن حزب الإصلاح والتنمية، الذي يترأسه رجل الأعمال القبطي رامي لكح فقد أكد على دعمه للواء عمر سليمان، رئيسًا للجمهورية قبل استبعاده، ومن بعدها أعلن لكح أن الحزب قد يقوم بمطالبة الفريق سامي عنان، عضو المجلس العسكري للترشح عنه، وأخيرًا أعلن ممدوح رمزي، المحامي، مساعد رئيس الحزب، عن دعم حزبه للدكتور عمرو موسى، الامين العام السابق للجامعة العربية. يأتي هذا في الوقت الذي أعلن فيه صفوت البياضى ، رئيس الطائفة الإنجيلية، أن أي دعم من قبل الكنسة لمرشحي الرئاسة يعد "جريمة كبيرة" خاصة أنه لا يمكن أن تقوم الكنيسة باعتبارها مؤسسة دينية أن تملى على شبابها اختيار مرشح بعينه، قائلا "أراهن على الشعب المصري، فهو الوحيد القادر على اختيار مرشحه المناسب دون وصاية من أحد عليه". وكان الأنبا باخوميوس، القائم بأعمال البطريرك الآن عقب وفاة شنودة الثالث، قد أكد على أن الكنيسة ليس لها موقف من أي مرشح من الموجودين على الساحة الآن، وأن اي مرشح قد يتخوف منه الأقباط فلن يقومون بترشيحه، مؤكدًا في السياق ذاته على أن الكنيسة لن تتدخل مطلقًا في اختيارات الأقباط. جاء ذلك في الوقت الذي استقبلت فيه الكنيسة وشبابها العديد من المرشحين للإنتخابات الرئاسية، كان آخرهم حمدين صباحي، وفي الوقت الذي أكدت فيه على أنها تفتح ذراعيها لجميع المرشحين، وترحب بهم داخلها لعرض وجهات نظرهم ورؤيتهم الخاصة بشأن الإصلاح في مصر.