عقب ثورة 25 يناير استغل عدد من أصحاب النفوس الضعيفة حالة الانفلات الأمني التى مرت بها البلاد ووضعوا أيديهم على مساحات شاسعة من اراضى أملاك الدولة، وقاموا بإنشاء بعض الهياكل الخرسانية بداخلها، واهمين أن تلك الحالة ستستمر،أو انه يمكن التغاضى عن جرائمهم أو على أقل تقدير ستتصالح الدولة معهم. وفى محافظة الفيوم قام عدد من سكان الدير المنحوت بوضع اليد على مساحة 8300 فدان داخل المحمية الطبيعية بوادى الريان مستغلين حالة الإنفلات الأمني التى أعقبت ثورة 25 يناير، وأقاموا عدداً من المنشآت داخل تلك المساحة، ثم أنشأوا أسوارا بطول 11 كم حولها ترتكز على جبلين من جبال المنطقة ومنعوا التردد عليها وسيطروا على العيون المائية بداخلها. وقد سبق أن اتخذت أجهزة الدولة العديد من الإجراءات للتعامل مع هذه التعديات دون جدوى. وتضمنت الخطة القومية للطرق التى صدق على تنفيذها الرئيس عبدالفتاح السيسى إنشاء طريق وادى الريان/الواحات البحرية بطول 125 كم والذى يمر داخل أراضى محمية وادى الريان الطبيعية بالفيوم ليربط طريق أسيوط الغربى بالواحات البحرية . وفور إقرار المشروع أسندت الهيئة العامة للطرق والكبارى تنفيذ الطريق بطول 125 كم وعرض 12 م لشركات الطرق التى تقوم حالياً بتنفيذه فى قطاعين الأول القطاع الشرقى بطول 55 كم يجرى العمل به من طريق أسيوط غرب النيل فى اتجاه الغرب حتى موقع المنطقة المعتدى عليها من الساكنين بالدير، والثانى القطاع الغربى بطول 70 كم يجرى العمل به أيضاً من طريق الواحات البحرية فى اتجاه الشرق. ونبهت دراسات وزارتى البيئة والآثار إلى أن المساحات التى يتواجد عليها الساكنون بموقع الدير هى أراضى أملاك دولة توجد على أجزاء محدودة منها بعض الشواهد الأثرية، وطالبت الوزارتان بضرورة وقف الدير لجميع التعديات سواء المنشآت الحديثة أو المزارع أو أعمال الحفر . ومن جانبها تتلخص رؤية الكنيسة الارثوذكسية فى أن منطقة وادى الريان محمية طبيعية سكنها قديماً عدد من السكان وقد حاول البعض حديثاً إحياء الحياة الرهبانية ولم يصدر اعتداد كنسى حتى الآن بأى من هذه المحاولات. كما سبق وأن أعلنت الكنيسة أن هذا الموقع ليس ديراً كنيسياً معترفاً به، وأدانت التجاوزات التى يقوم بها البعض بالتصدى لوقف البناء وتنفيذ مسار الطريق المخطط، وحذرت من الانسياق أو التعاطف أو التجاوب مع المغالطات التى يروجها البعض دون معرفة الحقائق الدقيقة من أجهزة الدولة. وبتاريخ 4 أكتوبر الجارى تم توقيع محضر مع ممثل الكنيسة القبطية الأرثوذكسية سكرتير قداسة البابا تواضروس تضمن التأكيد على أن اعتراض بعض الساكنين بموقع الدير المنحوت - الغير معترف به كدير كنسى حتى الآن - لأجهزة الدولة فى تنفيذها لطريق وادى الريان / الواحات البحرية على الاراضى المملوكة للدولة لايمثل موقفاً رسمياً للكنيسة القبطية الأرثوذكسية التى سبق لها استبعاد الراهب المسئول والتبرؤ من بعض الساكنين الذين انتحلوا صفة الرهبان . كما جدد إدانة الكنيسة لتجاوزاتهم وتأكيدها على أن للدولة الحق القانونى فى التصرف بإزالة التعدى القائم وإزالة الأسوار وتنفيذ المسار المخطط لوادى الريان/الواحات مع مراعاة الحفاظ على الطبيعة الأثرية والمقدسات والمغائر فى هذه المنطقة. وجاء فى بنود المحضر أن الكنيسة تقر قيام أجهزة الدولة خلال شهر أكتوبر الجارى باتخاذ جميع الإجراءات القانونية اللازمة مع كل من يعترض من الساكنين بالدير لتنفيذ مسار وادى الريان/الواحات.