أرجات المحكمة التي تنظر القضية المعروفة إعلاميًا ب " التخابر مع قطر " عرض بعض الأحراز المتعلقة بمحتوى وحدات التخزين المضبوطة مع المتهم " أحمد علي عبده عفيفي " لجلسة سرية نظرًا لدواعي الأمن القومي . ومن بين تلك المحتويات مجلد بعنوان " خاص وهام " أقر ممثل النيابة بأنه محتوياته تمس الأمن القومي , وأثبت القاضي بأن بعض ملفات ذلك المجلد تحمل أسماء " الجيش " و " الحرية والعدالة" و" شئون خارجية " و "صحافة ورئاسة " لتقرر المحكمة عرضه بجلسة سرية بجانب محتوى آخر كان مجلد باسم " الملف " . وأسندت النيابة إلى الرئيس المعزول محمد مرسي وبقية المتهمين اتهامات عديدة، من بينها: ارتكاب جرائم الحصول على سر من أسرار الدفاع، واختلاس الوثائق والمستندات الصادرة من الجهات السيادية للبلاد والمتعلقة بأمن الدولة وإخفائها وإفشائها إلى دولة أجنبية والتخابر معها بقصد الإضرار بمركز البلاد الحربي والسياسي والدبلوماسي والاقتصادي وبمصالحها القومية. كما نسبت النيابة للمتهمين طلب أموال ممن يعلمون لمصلحة دولة أجنبية، بقصد ارتكاب عمل ضار بمصلحة البلاد، والاشتراك في اتفاق جنائي الغرض منه ارتكاب الجرائم السابقة، وتولي قيادة والانضمام لجماعة إرهابية تأسست على خلاف أحكام القانون الغرض منها الدعوة إلى تعطيل أحكام الدستور والقوانين ومنع مؤسسات الدولة والسلطات العامة من ممارسة أعمالها والاعتداء على حريات المواطنين والإضرار بالوحدة الوطنية والسلام الاجتماعي، بهدف تغيير نظام الحكم بالقوة والإخلال بالنظام العام وتعريض سلامة المجتمع وأمنه.