اجتمع مجمع البحوث الإسلامية بجلسته الطارئة بمشيخة الأزهر الشريف الاثنين السادس من رمضان 1434ه، الموافق الخامس عشر من يوليو 2013م. وتأتى هذه الجلسة لنظر ما يلم بالوطن والأمة في هذا الظرف الدقيق الذي تمرُّ به البلاد، موضحاً أنَّه بمراجعة بياني فضيلة الإمام الأكبر السابقين، وما يقع من المستجدات في المرحلة الراهنة، ومع الأخذ في الاعتبار الاقتصار على القيم والمبادئ الإسلامية، دون الدخول في السياسة وما قد تدعو إليه من انحيازاتٍ تخرج عن الموضوعيةِ والإنصاف، فإنَّه يرى دعوة كل المصريين من كافة الأطياف الوطنية إلى القِيَم والمبادئ الإسلامية الآتية وما تستوجبه من مبادئ. وأكد المجمع على أن وثيقة الأزهر التي اجتمعت عليها كلمة الأطياف الوطنية المصرية والسياسية والفكرية والدينية، والتي تتفق مع الدولة التي يريدها الشعب المصري وتقررها الشريعة الإسلامية وهي الدولة الوطنية الديمقراطية الدستورية الحديثة وأنَّه أيضا وفقًا لقاعدة أن الضرورة تُقدَّر بقدرها، فإنَّ عوامل تقديرها نسبية. ودعا المجمع إلى الالتزام بها بكل ما يجب من شفافية واستقامة، وفي خلال فترة انتقالية مؤقتة ومعقولة تنتهي إلى إجراء التعديلات الدستورية المطلوبة، والانتخابات البرلمانية والرئاسية. كما دعا مجمع البحوث الإسلامية بالأزهر الشريف إلى ضرورة حماية حياة جميع المواطنين وحرياتهم على حد سواء، وعدم التعامل فيما يتعلق بالاحتجاز أو القبض أو الحبس الاحتياطي إلَّا وفق القانون ومن خلال الإجراءات القضائية، ونبذ سياسة الإقصاء فمصر وطن يسع الجميع بالإضافة إلى وجوب أن تلتزم كافة وسائل الإعلام بميثاق شرف إعلامي يمنع إثارة الاحتقانات والفِتَن في البلاد. وأشار المجمع إلى أنه لا محل لمساءلة أي شخصي ينتمي لأي طيف أو فصيل سياسي عن أفكاره وآرائه طالما التزم بالقنوات الشرعية، ولم يسع إلى تهديد السلام الاجتماعي والمساس بالأمن القومي للبلاد وأنه لا يجوز بأي حال من الأحوال وتحت أي مبرر، الاعتداء بأي شكل من الأشكال على جنود الجيش المصري أو الشرطة أو المنشآت العسكرية أو الوطنية أو الممتلكات الخاصة. وأشار مجمع البحوث الإسلامية إلى التزام القوات المسلحة بعدم الانزلاق إلى السياسة ويبارك حرصها على الاستمرار في ذلك داعيا إلى سرعة تشكيل لجنة للمصالحة الوطنية، ولمّ الشمل، دون إخلال بحق كل طيف أو فصيل في أن تكون له رؤيته، في إطار الالتزام بمصالح الوطن العُليا. فى السياق ذاته ناشد المجمع الجميع بضرورة الحرص على نبذ العنف أو التحريض عليه ووقف كل دعاوى التكفير والتخوين، واحترام الدم المصري حيث لا يجوز المساس به أو الاعتداء عليه بأي صورة ولا لأي ذريعة أو سبب من الأسباب. واختتم مجمع البحوث الإسلامية بيانه بالتذكير يُذكِّر بالدور الوطني والديني الخالص لوجه الله والدين والوطن من فضيلة الإمام الأكبر شيخ الأزهر الأستاذ الدكتور أحمد الطيب والذي ينطلق من ثوابت وطنية كان الأزهر الشريف على امتداد تاريخه يقوم بها قبل وجود أي تيارات سياسية أو مذهبية أو حزبية وينظر بقلق شديد إلى تلك الأصوات الشاردة التي تريد أن تشوه دور الأزهر الشريف، وتنال من رسالته في خدمة الدين والوطن.