تسببت تعليمات مؤسسة الرئاسة التى تقودها جماعة الإخوان المسلمين للعامرى فاروق وزير الرياضة، فى إهدار ما يقرب من مليون جنيه من المال العام للدولة فى قضية مجزرة استاد بورسعيد التى راح ضحيتها 72 مشجعًا من جماهير الأهلى عقب مباراته مع المصرى بالدورى الممتاز فى فبراير 2012. وقاد العامرى بتعليمات من مؤسسة الرئاسة اتحاد الكرة لتقديم طعن لدى المحكمة الفيدرالية السويسرية على قرار المحكمة الرياضية الدولية، بإلغاء عقوبات لجنة التظلمات بالجبلاية بهبوط فريق المصرى البورسعيدى للقسم الثانى، وهو الطعن الذى رفضته الفيدرالية. كشف مصدر بالجبلاية عن أن تقديم الطعن كلف الاتحاد 17 ألف فرنك سويسرى كغرامة موقعة من الفيدرالية و15 ألف فرنك أتعاب المحاماة و20 ألف يورو للمحامى الفرنسى "أليكس" الذى وكلته الجبلاية إلى جانب 40 ألف يورو نظير طعن المصرى أمام المحكمة الرياضية وهو ما يوازى 920 ألف جنيه تقريباً مشيراً إلى أن الوزير وعد بتحملها. وأوضح أن الاتحاد كان لديه رغبة شديدة فى سحب الطعن عقب الحكم القضائى بإعدام 21 من مرتكبى المجزرة والحبس لآخرين، لكن العامرى أصر على عدم سحبه بتعليمات من الرئاسة لعدم الصدام مع الأهلى ورابطة جماهيره "ألتراس" فى ذلك الوقت. وأشار إلى أن المحامى الفرنسى باع الجبلاية ولم يهتم بالقضية، بدليل أنه لم يعلم بالحكم إلا بعد إعلان المصرى عنه، مؤكدًا أن مذكرة الطعن لدى الفيدرالية كتبت بمعرفة قانونيين فى الأهلى وعلى رأسهم محمود فهمى المستشار القانونى للنادى وأرسلت إلى المحامى الفرنسى لتقديمها مباشرة إلى للفيدرالية.