أعاد الدكتور محمد مختار جمعة، وزير الأوقاف، تشكيل المجلس الأعلى للشئون الإسلامية لعام 2016، ولكن بقرارات مفاجئة استبعد على أساسها أكثر من عشر أساتذة من قيادات وعلماء الأزهر الشريف. وجاء فى مقدمة المستبعدين الدكتور عبدالحي عزب رئيس جامعة الأزهر السابق، والدكتور عبد الفتاح محمود ادريس عميد كلية التربية، واللذان كانا عضوين فى لجنة الدراسات الفقهية، واستبعاد الدكتور محيي الدين عفيفى الأمين العام لمجمع البحوث الإسلامية من لجنة الفكر والحضارة الإسلامية، والدكتور محمد عبد الصمد مهنا من لجنة الترجمة. واستبعد الدكتور حسين عويضة مدير نادى هيئة أعضاء تدريس بالجامعة، من لجنة المؤتمرات والندوات والحوار والتواصل المجتمعي، والدكتورة سعاد صالح عميدة كلية الدراسات الإسلامية والعربية بنات السابقة، والدكتورة مها عقل عميدة كلية الطب بنات السابقة، من لجنة المرأة والطفل. كما استبعد من لجنة المستجدات وتفكيك الفكر المتطرف، الدكتور سعد الهلالي أستاذ الفقه المقارن بالجامعة، والدكتور أحمد كريمة أستاذ الشريعة الإسلامية، وجاء فى مقدمة المستبعدين من لجنة الإعلام الدكتور عبد الصبور فاضل عميد كلية الإعلام بالجامعة. وأكد الدكتور عبد المنعم فؤاد عميد كلية العلوم الإسلامية، إنه ليس على وزير الأوقاف حرج من استبعاد أو اختيار عناصر جديدة فى المجلس الأعلى للشئون الإسلامية لأن كل ما يهمنا فى النهاية هو الحفاظ على كيان المجلس ودعمه بكل الطرق سواء كنا أعضاء فيه أو لا، ولكن من الواجب عليه الاعتماد على قيادات الأزهر الكبار فى تشكيل المجلس لما لهم من خبرة فى اختيار العناصر المفيدة والنشطة. وكشفت مصادر خاصة من المجلس الأعلى للشئون الإسلامية، أن الاستبعاد من اللجان جاء بسبب تخلف العضو عن الحضور الجلسات بشكل مستمر وإهمال الحضور أثار غضب وزير الأوقاف، وإجبره على تشكيل المجلس للعام الجديد بالمنضبطين فى الحضور واختيار عناصر فعالة متفرغة للمهمة. وحاول مختار جمعة أن يمتص غضب الأزهر القادم لا محال بعد التنكيل بقيادته فأصدر بيانًا قال فيه، إن بعض العلماء كان لهم من ظروف عملهم ومهامهم الثقيلة ما يحول بينهم وبين حضور جلسات المجلس الأعلى للشئون الإسلامية فاعتذر بعضهم عن عدم الحضور إعطاء للفرصة لمن تسمح له ظروفه، فقبلنا اعتذارهما مع من لم تسمح له ظروفه بحضور الجلسات مع خالص شكرنا وتقديرنا لما يقدمه كل مخلص لدينه ووطنه.