قدم الدكتور زكريا النوتى عميد كلية العلوم الاسلامية "الوافدين" بجامعة الأزهر استقالته، وذكر فيها: "إننى أتقدم باستقالتى نظرا لظروف خاصة وأكلف الدكتور مصطفى السواحلى وكيل الكلية للقيام بمهام الامتحانات وتسيير شئون الكلية ". وبعد تقديم الاستقالة بساعات قام الدكتور أسامة العبد رئيس الجامعة بتكليف الدكتور محى الدين عفيفى العميد الأسبق لكلية الدعوة للقيام بمهام عميد الكلية. وذكرت مصادر مطلعة أن سبب تقديم الدكتور النوتى للاستقالة ترجع الى خلافاته مع رابطة خريجى الأزهر بسبب تدخلها فى شئون الكلية وفرضها لكتب الدكتور عمر كامل ليكون مقررا على كل مراحل الدراسة الأمر الذى رفضه النوتى وعلق عليه بأنها لا ترقى لذلك. وأشار المصدر إلى أن إنشاء مركز تعليم اللغة العربية لغير الناطقين بها واستقلاليته بعد أن كان تابعا لكلية الوافدين أحد أهم اسباب الاستقالة.