تعد محافظة المنيا، من المحافظات الغنية بالكنوز الأثرية، وتأتي فى المرتبة الثالثة، بعد محافظتي الأقصر والجيزة، وتضم 40 موقعًا أثريًا لعدد 6 عصور تاريخية، وتحتوى على 1400 أثر فرعونى للعصور المختلفة، أشهرها (تل العمارنة- البهنسا- بني حسن- جبل الطير)، جميعها تعاني الإهمال وغياب التأمين مما يعرضها للسرقة والتعديات بالبناء. ففي منطقة الأشمونين بمركز ملوي، رصدت «الوفد» قطعا أثرية على شكل أعمدة ملقاة على الأرض تحت أقدام الأطفال تحولت المنطقة الي مكان مجهول يلهو فيه الأطفال، وفي البهنسا، تعدد صور العبث بالمكنون الأثري، ووصل حد الإهمال إلى التعدي ببناء عدد من المنازل والمدافن، وغرس الأشجار بالمناطق الأثرية قرب القباب والأضرحة، في ظل غياب الشرطة، وقلة أعداد الخفراء، وكشف تقرير قدمه كبير مفتشي آثار البهنسا سلامة زهران، أن تعديات البناء علي قبة «أبوسمرة» صدر لها قرارات إزالة. وأوضح التقرير أنه تمت مخاطبة مجلس قروى «صندفا» ومجلس مدينة ومركز شرطة بنى مزار عدة مرات دون جدوى، ولم يتم اتخاذ أي إجراء رادع ينصف آثارنا القديمة من بين أنياب ذوى المصالح، وفي مدينة حبنو الفرعونية بزاوية سلطان بمدينة المنيا، تواجد 3 أفراد أمن فقط، رغم اتساع المنطقة المحاطة بسور يسهل تسلله، ورغم أنها تضم هرما ومقبرة للأسرة الثالثة، بالإضافة لنظارة خوفو والمذبح الفرعوني. وكذلك أكد رئيس شرطة السياحة والآثار العقيد عبد السميع فرغلي، أن هناك حراسة أمنية لقصر هدي شعراوي تعمل على فترتين، حيث أرجع أثريون وقائع سرقة الأماكن الأثرية، خاصة المتواجدة بالمناطق الجبلية، لبعدها عن أقسام ومراكز الشرطة، وقربها من عصابات مسلحة تقطن الجبال، بالإضافة لتغيب الحراس المكلفين بحراسة المناطق الأثرية. كما تعرضت مقبرتا «محوتي حتب» و«عحا نحت» الأثريتين بمنطقة الجبل الشرقي في مدينة ملوي، للنهب والسرقة ليلا، وتعرضت مقبرة «جحوتي حتب» الكائنة بمنطقة دير البرشا بملوى جنوبالمنيا للسرقة، الأسابيع الماضية، عقب محاولة مجهولين كسر الأقفال الحديدية للمقبرة، ولم يجد اللصوص أي آثار، لأن المقبرة خالية من أي تماثيل أو مقتنيات أثرية. وقال مدير عام آثار مصر الوسطى، فايق عبدربه، إن أعداد العاملين بالحراسة، قليل جدا مقارنة باتساع الأماكن الأثرية، مطالبا بزيادة أعداد الحراسة على معظم المناطق الأثرية، تجنبا لتعرض تلك الأماكن لوقائع السرقة، وقال صلاح عبدالله، رئيس شعبة السياحة بالغرفة التجارية بالمحافظة، إن المحافظة تحتاج جبهة إنقاذ سياحة، مشيرا الي ضرورة التركيز على عنصر الأمن للحفاظ على المكنون الأثري وبشكل خاص الفرعوني، كما ذكر عدد من أهالي المنيا الذين يقطنون قرب المواقع الأثرية، أن المشكلة الكبرى تتمثل في غياب الأمن بتلك المناطق. أما معبد آتون الكبير الذى أقامه إخناتون على مساحه 800 متر طول ×300 متر عرض ويحيط به رسوم ضخمة، ويضم معابد تتميز عن غيرها من المعابد، بأنها بلا أسقف لتتخللها أشعة الشمس المجسدة للإله آتون، وفي منطقة طهنا الجبل التي يرجع تاريخها إلى الدولة القديمة، يوجد معبد نيرون ومقصور للإله حتحور، ومن الآثار الإسلامية التي ترسخ مدى الإهمال وغياب الخدمات الأمنية، الجامع العتيق ذات المئذنة المائلة بمركز سمالوط، شمال المحافظة، الذى بني في العصر الفاطمي. وتضم المنيا آثارا قبطية شهيرة أبرزها دير السيدة العذراء بمركز سمالوط، يأتي إليه ما يقرب من 2 مليون زائر سنويا، خلال شهر مايو وأغسطس من كل عام، ويقع على قمة جبل الطير، شرق النيل بسمالوط، ويوجد به كنيسة أثريه منحوتة في الصخر تحتوى على مغارة صغيرة اختبأت فيها العائلة المقدسة خلال رحلتها لمصر.