في سابقة لم يتوقعها أكثر المتشائمين من الوضع السياسي الراهن التي تشهده مصر، وصلت شدة تعصب بعض المعارضين لمشروع الدستور الجديد إلى خروجهم عن حيز السلمية والاعتداء على مسجد القائد إبراهيم في الإسكندرية، بالحجارة وتخريب محتوياته، في مشهد أعاد إلى الأذهان اقتحام نابليون بونابرت للمسجد الأزهر، وحصار الشيخ المحلاوي واحتجازه داخل المسجد بدعوى أنه قام بالترويج لمشروع الدستور الجديد، وهو ما نفاه الشيخ تماماً. وقد أدانت العديد من المؤسسات والأحزاب والقوى السياسية الاعتداء على بيوت الله والشيخ المحلاوي الذي يعتبره الكثيرون أحد الرموز الدينية وأبرز قادة ثورة 25 يناير. فمن جانبها، أعربت وزارة الأوقاف عن بالغ الأسى والحزن لامتداد أيدي المحاصرين والمحيطين بالمسجد إلى العبث والتخريب في منشآت المسجد وإحراق سيارات تقف أمامه وإلحاق الأذى بكل من تظهر عليه علامات التدين من المارة في الشارع أو في السيارات. وأوضحت وزارة الأوقاف أنها إذ تدين هذه الأعمال التي تطال بيوت الله بالتخريب أو تطال أئمتها بالإيذاء، تذكر الأمة بما سبق وأعلنته من أنه يجب صيانة المساجد عن أن تكون طرفاً في الانتصار إلى رأي أو فصيل سياسي وأن تترك المسألة لاختيار الشعب عن طريق الاقتراع في صناديق الانتخابات مع احترام كل طرف للآخر. خط أحمر قال سمير العركي القيادي بالجماعة الإسلامية "المساجد خط أحمر ولا يجوز الاقتراب منها تحت أي مسمى", واصفاً الاعتداء على المحلاوي بالعمل الهمجي لأن تاريخ الرجل يشهد بجهاده الطويل والمرير ضد النظم الديكتاتورية منذ عهد السادات. الوجه القبيح كما أدان أنس القاضي المتحدث الإعلامي باسم جماعة الإخوان المسلمين بالإسكندرية تلك الأحداث، قائلاً "هكذا ينكشف الوجه القبيح للقوى التي تدعي الوطنية وتدعي المدنية وتزعم المطالبة بحرية الرأي، فهم لم يتحملوا صوت الشيخ أحمد المحلاوي لأنه مخالف لهم ولا يتفق مع أفكارهم السياسية". وأضاف "يجب على الجميع احترام حرمة المساجد ودور العبادة وسلمية التظاهرات، أما ما يقوم به ميلشيات التيار الشعبي وحزب الدستور بتجهيز أجولة ممتلئة بالطوب والزجاج يعتبر نية مبيتة للاعتداء على الشيخ المحلاوي ومسجد القائد إبراهيم ويوضح من هو الطرف الثالث الذي أغرق مصر خلال العامين الماضيين في بحور من الدماء ووقع خلالها عشرات الشهداء". مسلسل "البلطجة" ومن جهتها أكدت الجبهة السلفية أن أحداث مسجد القائد إبراهيم هي استكمال لمسلسل البلطجة والإرهاب والحرب على الإسلام. وأدانت الجبهة، في بيان لها، صمت الداخلية وزارة، قائلة "وكأن الأمر مناقشة هادئة بين فريقين مختلفين، وليس إجراما من ميليشيات إرهابية مسلحة تحاصر رهائن عزل تجب حمايتهم، نقولها مدوية صريحة، إن من أعلن الحرب على المساجد وأعلام أئمتها، فليكن على استعداد لثورة المساجد والأمة وانتصارها لدينها ورموزها ضد من نصبوا أنفسهم أعداء له". وأضاف البيان "الجديد أن البلطجة اليوم جاءت فى صورة نابليونية مجرمة، تعدت الحدود وتخطت الحواجز، حتى وصلت للاعتداء على بيت من بيوت الله تعالى، وعلى علم من أعلام الدعوة ومقاومة الاستبداد وهو الشيخ المحلاوى – حفظه الله – بمحاصرته والعديد من المصلين داخل المسجد وحرق سيارته والتعدى على حرمة بيت الله تعالى". جريمة نكراء قال نادر بكار المتحدث الرسمي باسم حزب "النور" السلفي :"إن حصار مسجد واحتجاز عالم جليل مسن ل14 ساعة جريمة نكراء"، مؤكدًا على خروج الشيخ المحلاوي سالماً بعد احتجازه شهد تفاصيل كثيرة، مضيفًا أن الله سبحانه وفق وفوت الفرصة على كل من أراد جر البلاد إلى حمام دم. الغريب أن القوى التي تدعي الديمقراطية والدعوة إلى الدولة المدنية، لم نسمع لهم صوتاً يدينون فيه الاعتداء على بيوت الله وأحد رموز الثورة الشيخ المحلاوي، ما عدا عمرو موسى الذي استنكر الاعتداء على بيت من بيوت الله في الإسكندرية، مؤكدا أنها لا ترضى الله أبداً. وقال موسى "أدين بشدة الاعتداءات على بيت من بيوت الله في الإسكندرية، فهذا لا يرضى الله أبدًا، وإلى شيوخنا وأئمتنا، اتقوا الله في مساجده ولا تدنسوها بالسياسة.