تباينت ردود أفعال علماء الدين حول زيارة د. علي جمعة مفتي الجمهورية للقدس فمنهم من أيدها ومنهم من عارضها ولكل وجهة نظره. يقول د. أحمد كريمة الأستاذ بجامعة الأزهر ان زيارة المسجد الأقصي سواء للمفتي أو لغيره لا يتعلق بها حكم تكليفي لا واجبة ولا محرمة وتكون واجبة اذا كانت نذرا لأن من نذر أن يأتي المسجد الأقصي فليفي بنذره. أضاف ان المسجد الأقصي من المساجد التي تشد إليها الرحال كما قال رسول الله صلي الله عليه وسلم وبالتالي فإن زيارة المفتي للمسجد الأقصي لا غبار عليها ولا يوجد نص ديني يحرمها فالرسول عليه الصلاة والسلام كان في المدينة والمشركون يحتلون المسجد الحرام وبالأصنام ومع ذلك ذهب الرسول لمكة وأدي العمرة. أكد أن المفتي لم يخطيء فقهيا ولا شأن للدين بالسياسية وهذه الزيارة ليس لها علاقة بالتطبيع فالمفتي ذهب لهناك ليؤدي شعائر الله ولم يرتكب ذنباً ولم يقترف جرما. أما الشيخ منصور الرفاعي عبيد وكيل وزارة الأوقاف السابق فيرفض تماما هذه الزيارة ويقول كان الأولي علي المفتي أن يزور غزة ليتعرف علي الدمار الذي صنعته اسرائيل ويشد علي اخوانه الفلسطينيين حتي يقوي من عزيمتهم ويحثهم علي الاستبسال والجهاد ودفع العدو بأية وسيلة من ان يتوسع في بلاد المسلمين أو أن يقوم بزيارة فتح في مقرها ويسعي للصلح بين فتح وحماس لتوحيد الجبهة الفلسطينية. أما زيارة القدس سواء بتأشيرة من اسرائيل أو بدون تأشيرة فهذا اعترف بحق الصهاينة وتدعيمهم ماديا ومعنويا فالطعام والشراب من مؤسسات اسرائيلية يعتبر دعما هذا اذا كانت التأشيرة بدون مقابل. يبدي الشيخ عبيد استياءه من هذه الزيارة ويؤكد أنه ما كان ينبغي للمفتي ان يقوم بها تحت أي مسمي خاصة أنه يعلم تماما أن الله سبحانه وتعالي يقول "يا أيها الذين آمنوا لا تتخذوا عدوي وعدوكم أولياء تلقون إليهم بالمودة" وهذه الآيات الصريحة يعلم المفتي مدلولها وأسباب نزولها وما علينا إلا أن نكون صرحاء مع الجمهور الذي نتعامل معه وما أجمع المسلمون علي حله فهو حلال والمسلمون يجمعون الآن علي عدم زيارة القدس في ظل الاحتلال واستشهد الشيخ عبيد بما قاله الراحل البابا شنودة "لن أذهب إلي المقدس إلا بعد ان يتحرر وتعود السيطرة عليه للأمة الاسلامية والعربية". كان الدكتور إبراهيم نجم المستشار الاعلامي لمفتي الجمهورية قد أعلن أن زيارة المفتي لمدينة القدس وصلاته بالمسجد الأقصي لا تعني التطبيع مع الكيان الصهيوني وأنها جاءت في إطار علمي غير رسمي. نافيا أن يكون المفتي قد حصل علي تأشيرة دخول من سلطات الاحتلال الاسرائيلي. وأوضح نجم أن المفتي زار القدس ضمن وفد من الديوان الملكي الأردني المشرف علي المزارات المقدسة للقدس الشريف ولا يحتاج لأي تأشيرات أو اذن للدخول. تابع نجم ان المفتي أعلن لأعضاء الوفد الأردني ضرورة اقامة مؤتمر صحفي توضيحي لأغراض الزيارة وأنها ليست بهدف التطبيع مع اسرائيل وانما بهدف التأكيد علي اسلامية وعربية المدينة المقدسة وأن اسرائيل مهما طال بها العمر أو استقوت بالجانب الامريكي فلن تفلح في إثناء المسلمين والعرب عن الدعم الكامل لبيت المقدس والعودة إلي المسجد الأقصي خاصة بعدما زالت الأنظمة المستبدة التي كانت تدعمهم وتساند وجودهم. وأن حضوره اليوم إلي القدس جاء بمثابة اعلان لاشارة العودة إلي القدس مرة ثانية في ظل حماية شعبية والتأكيد علي حق ثابت رفض القانون الدولي اثباته لكن القانون الطبيعي. صرح مستشار المفتي أن د. جمعة كثيرا ما أعلن رغبته في زيارة بيت المقدس ليجمع بين الصلاة في الأماكن المقدسة الثلاثة قبل ان يدركه الأجل ولكنه رفض مراراً ذلك حتي أتيحت له هذه الفرصة التي يتمناها كل مسلم تحت اشراف كامل من السلطات الاردنية. كان فضيلة الدكتور علي جمعة- مفتي الجمهورية- وسمو الأمير غازي بن محمد قد افتتح كرسي الامام الغزالي للدراسات الاسلامية بالقدس. والذي انشأه الملك عبدالله الثاني ملك الاردن. تحت اشراف الديوان الملكي الأردني» حيث ان الديوان هو المشرف علي المزارات المقدسة للقدس الشريف. وقد تمت هذه الزيارة بدون الحصول علي أية تأشيرات أو أختام دخول من أية جهة. باعتبار أن ذلك من اختصاصات الديوان. وقد تمت هذه الزيارة تحت اشراف كامل من جانب السلطة الأردنية. حيث ان مفتي الجمهورية عضو بمؤسسة آل البيت الملكية الأردنية التي يرعاها ملك الأردن. وفي تصريحات للمواقع الإلكترونية وصف د. خالد سعيد المتحدث الرسمي باسم الجبهة السلفية زيارة الدكتور علي جمعة مفتي الجمهورية لمدينة القدسالمحتلة ب "الخزي " و"العار".. مشيرا إلي أن الزيارة تشويه لصورة الأزهر الشريف. استنكر الشيخ صفوت حجاز رئيس رابطة علماء أهل السنة زيارة المفتي للقدس. مطالبا بعزله من منصبه. وصفت المستشارة تهاني الجبالي زيارة الدكتور علي جمعة بأنها شرخ في جدار مقاومة التطبيع مع العدو الصهيوني. في الوقت التي تنتهك قوات الاحتلال الصهيوني حرمة المسجد الأقصي.