رصدت غرفة العمليات الموجودة بمقر حزب المصريين الأحرار عن طريق مناديبها بمختلف لجان المرحلة الثانية وشكاوي الناخبين بالخط الساخن برئاسة الدكتور هاني سري الدين عضو المكتب الرئاسي للحزب العديد من التجاوزات والمخالفات وأهمها انتشار ظاهرة التصويت الجماعي. ففي مدرسة التحرير الابتدائية المشتركة لجنة رقم 51 و52 بامبابة وجد ان مندوبي حزب الحرية والعدالة هم من يقومون بالتصويت للناخبين.. من ناحية أخري تم تحرير محضر برقم 4484 لسنة 2011 إداري الشهداء من قبل النقيب زكريا يحيي القائم بالأعمال في زاوية البقلي بخصوص تحريزه 444 بطاقة ودعاية للاخوان والسلفيين داخل اللجان وحرر المحضر رئيس المباحث أحمد جوهر بدائرة الشهداء- المنوفية. من أهم الظواهر أيضا في المرحلة الثانية وجود اسماء المتوفين في بعض الكشوف ببعض اللجان مثل لجنة 510 بمدرسة هدي شعراوي بالعمرانية يوجد اسم مجدي فيكتور ميخائيل المتوفي من 3 سنوات في كشوف الناخبين.