بعث الدكتور السيد عبدالخالق، وزير التعليم العالى، بخطاب موجه إلى رؤساء الجامعات، تحت باب "سري للغاية" يطالبهم خلاله بتنفيذ توصيتين صادرتين من لجنة إدارة الأزمات التابعة لمجلس الوزراء، تتعلق الأولى باستطلاع رأى 3 جهات أمنية وسيادية فى أسماء المرشحين للسفر إلى العمل فى المكاتب العمالية أو الثقافية أو الحصول على دورات تدريبية أو بعثات دراسية «ماجستير ودكتوراه». وطبقًا لما نشرته صحيفة "المصرى اليوم" عقب حصولها على نسخة من ذلك الخطاب السري، أن تلك الوظائف تحصل عليها الجامعات المختلفة عن طريق جهات أجنبية، ويتم عقدها داخل أو خارج مصر، مع ضرورة الحصول على موافقة الجهات الثلاث على السفر. ونصت التوصية على «تنقيح المناهج الدراسية في الجامعات من كل الأمور المغلوطة التي تؤدى إلى تشتيت أفكار الطلاب، والعمل على نشر وتعميم الخطاب الدينى الوسطى السمح». وأكد الخطاب أن رئيس مجلس الوزراء وجه بتنفيذ التوصيتين. أثار الخطاب غضبَ العديد من أعضاء هيئات التدريس، وقالت الدكتورة ليلى سويف، عضو حركة 9 مارس لاستقلال الجامعات، إن القرار غير قانوني، ويعيد الجامعات إلى وضع ما قبل ثورة 25 يناير. وقال الدكتور هانى الحسيني، العضو المؤسس بالحركة: «إذا صح هذا الخطاب، فإن رئيس مجلس الوزراء، ووزير التعليم العالى، قد حنثا بمواد القانون والدستور، ويجب محاسبتهما وفصلهما من عملهما، وستتخذ الحركة ضدهما الإجراءات القانونية حال تطبيق القرار».