انتقدت منظمة العفو الدولية، قمع قوات الأمن للمظاهرات السلمية في ثورة 25 يناير، التي أطاحت بالرئيس السابق حسني مبارك، وقالت إن "الغاز المسيل للدموع والخرطوش والشظايا المستخدمة لقمع المتظاهرين هي صناعة أمريكية وغير مشروعة فيما كان الرصاص الحي صناعة مصرية". جاء ذلك في سياق تقرير أعده 6 باحثين من المنظمة عبر زيارة ميدانية إلى 7 محافظات مصرية برفقة مسئول إعلامي، للوقوف على حقيقة ما حدث في الثورة المصرية، عقدت في ختامها طاولة مستديرة حول التقرير الذي صدر بعنوان: "مصر تنتفض: أعمال القتل والاعتقال والتعذيب خلال ثورة 25 يناير". وخلال الزيارات الاستقصائية، استمع أعضاء الوفد إلى العديد من أسر الضحايا والشهود المصابين كشهود عيان على الأحداث، وحصلوا على العديد من الوثائق التي تفيد عدم مشروعية القوة من جانب قوات الأمن ضد المتظاهرين، ومن بينها تقارير طبية وشهادة المصابين لمعرفة مدى تأثير الإصابة على حياتهم مثل الإعاقة عن العمل وقطع سبل الرزق. وخلص التقرير إلى أنه لم يكن هناك سبب يستدعى إطلاق النيران الحية لقتل أي متظاهر وأن ال 59 حالة قتل في ال7 محافظات التي زارها وفد المنظمة كانت غير مشروعة وأنه في المجمل كانت المظاهرات سلمية وأحيانًا تم رشق قوات الأمن بالحجارة، فضلاً عن أنه في حالات نادرة جدًا مثل محافظة السويس ألقى المتظاهرون على قوات الأمن قنابل "المولوتوف". ورصد التقرير صعوبات واجهت أسر الضحايا، مثل صعوبة الحصول على تصريح الدفن وشهادة الوفاة، وصعوبة الوصول للنيابة التي تكتفي بذكر طلق ناري دون تحديد مكان الإصابة أو شكل ذلك الطلق، لذا جاءت معظم التقارير مبهمة في إجمالها. وانتقد التقرير وسائل الإعلام التي اكتفت بتسليط الضوء على ميدان التحرير فقط دون التطرق إلى بعض المناطق مثل إمبابة أو بولاق الدكرور بالجيزة، خاصة وأن معظم أعمال القتل وقعت بالقرب من أقسام الشرطة، مثل قسم الأميرية بالمطرية في القاهرة، وقسم العرب ببورسعيد وقسم الجمرك والرمل وميناء البصل في الإسكندرية وقسم الأربعين والسويس في السويس وقسم المحلة أول الذي كان من أكثر الأماكن سخونة بالمحلة الكبرى، لذا اعتبر أهالي الضحايا أقسام الشرطة رمزًا للظلم. ووصفت المنظمة في تقريرها الأسر التي زارها أعضاء الوفد بأنها في غالبيتها أسر من الطبقة المتوسطة من أصحاب الدخل المحدود وليسوا أثرياء أو من أصحاب الفقر المدقع وإنما هي طبقة شعبية سئمت حكم على مدى 30 عاما. وقال التقرير إن معظم ضحايا الثورة كانوا من الشباب المتعلم من الخريجين ممن يبحون عن عمل وحياة أفضل فيما كان ذنب بعضهم أنهم مارة لم يكونوا من المشاركين، ومن بين 59 قتيلاً توجد حالات لأربع 4 قتيلات هن: أميرة ومهير وماجدة ورحمة، والأخيرة أصيبت بغاز في الرأس. وحول عملية الاعتقالات، رأت المنظمة أن الاعتقال كان يستخدم كوسيلة من قبل الحكومة المصرية لإضعاف الاحتجاجات باستهداف أعضاء معينين لهم دور كبير في الاحتجاجات سواء كانوا محاميين أو صحفيين أو نشطاء إنترنت. وأوضحت أن الاعتقال كان يتم على خلفية خطاب متطرف وبمعزل عن العالم الخارجي، حيث يمنع المعتقلون من الاتصال بالمحامين وكذلك يتعرضون لسوء المعاملة والصعق بالكهرباء وفي بعض الحالات تهديد بالاغتصاب. وفيما يتعلق بمسألة قتل السجناء، قال تقرير المنظمة إن "هناك غموضًا يشمل حالات قتل السجناء، خاصة أن لجنة تقصى الحقائق لم توثق شيئا بشأن السجون"، فيما توصلت المنظمة إلى أنه لم يكن هناك أي محاولة لاقتحام للداخل أو الفرار إلى الخارج لكن في المقابل كان هناك قتل للسجناء. وطالبت بمحاسبة المسئولين عن ذلك وتقديمهم للعدالة، مع التأكيد على حق جميع أسر الضحايا في معرفة الحقيقة من خلال تحريات كاملة ونشر معلومات كاملة عما حدث، والتعويض المادي بحجم الانتهاك، من خلال الأخذ في الاعتبار كل حالة على حدة، فهناك أسرة تتكون من أب وأم وأخ يقتل معيلها، وهناك أسرة أخرى تتكون من زوجة وأطفال يقتل معيلها الوحيد فيجب أن يكون التعويض المادي متماشيًا مع الضرر، كذلك قالت إنه يجب علاج المصابين على نفقة الدولة وأخيرًا الاعتذار فهو واجب لضحايا هذه الانتهاكات. وأشاد التقرير بالتحية العسكرية – التي أداها المتحدث باسم المجلس الأعلى للقوات المسلحة للشهداء- لكنه أوضح أنها لم تكن اعتذار عما اقترفته الدولة، وأنه يجب أن يكون هناك ضمان لعدم تكرار ذلك وهو ما يتطلب الكثير من الإجراءات والتعديلات. وأعلنت منظمة "العفو الدولية" أنها ستقوم خلال الفترة القادمة بمراقبة محاكمة المسئولين خاصة بعد انتقادها لتقرير لجنة تقصى الحقائق في مسألة عدم نشر أسماء كل الضحايا، كما لم تهتم اللجنة بالاستماع لأسر الضحايا وشكواهم، وهو ما أرجعته المنظمة إلى أن "صلاحيات اللجنة كانت محدودة وفعلت ما يمكنها فعله في إطار اختصاصها". وانتهت المنظمة في تقريرها إلى المطالبة بوقف المسئولين المشتبه فيهم حتى لا يتكرر الأمر، مع حصول أسر الضحايا على حقوقهم وضرورة إعادة هيكلة أجهزة الدولة الأمنية حتى لا تتكرر مثل هذه الانتهاكات مرة أخرى. واعتبرت أن ضحايا ثورة 25 يناير يشكلون آخر دفعة من ضحايا حكم مبارك، خاصة وأنه على مدار 30 سنة كان هناك انتهاكات واسعة النطاق، وعبرت المنظمة عن ذلك بالقول: "أنتم آخر ضحايا نظام مبارك". من جانبه، طالب الناشط الحقوقي المحامى محمد عبد العظيم بضرورة تعديل قانون العقوبات، حيث أن المادة 65 تعطي البنية التشريعية لجرائم التعذيب وتشترط أن يكون التعذيب من موظف عام ضد متهم مما يعطى لأجهزة الأمن غطاء كاف للتعامل بعنف مع المواطنين. وقال حسام بهجت مدير المبادرة المصرية للحقوق الشخصية وهى الجهة التي تعاونت مع منظمة العفو الدولية في صياغة تقريرها ل "المصريون" إن ضحايا الثورة من المنسيين والمنسيين الأكثر هم داخل السجون المصرية، خاصة أن هناك تقريرًا تعمل المبادرة على إنهائه حول إطلاق النار على السجناء واستخدام أسلحة نارية على السجناء وهو ما يحدث بمعزل عن أي رقابة. واستنكر لجوء ضابط السجن إلى استخدام القوة المسلحة عند مواجهة أي حالات تمرد داخل السجن، إذ أنه "عندما يواجهون اعتصاما أو عملا احتجاجيا أو مطالبة من قبل بعض السجناء بالإفراج عنهم بعد قضاء ربع أو نصف المدة يرى أن الحل الوحيد هو فتح النار على المساجين وفي أفضل الحالات يعطى الأوامر بإطلاق الغاز المسيل وإغلاق أبواب الزنازين مما يتسبب في وفاة بعض المساجين نتيجة الاختناق. وتساءل المبادرة المصرية للحقوق الشخصية عن المسئول وراء فتح أبواب السجون مثل سجن وادي النطرون وأبو زعبل وغيره، مرجحا أن يكون ذلك ناجما عن محاولات عفوية بالهرب بمجرد فتح السجون، أو مخطط عن طريق تواصل بعض السجناء مع بعضهم البعض بالتليفون. لكنه أشاد بصرف المعاشات الاستثنائية لأهالي السجناء فيما وصفها بأنها "خطوة إيجابية". من جانبها، اتهمت الدكتورة منال البطران شقيقة الشهيد اللواء محمد البطران رئيس مباحث قطاع السجون الذي قتل في أحداث يناير، الرئيس السابق حسني مبارك بصفته القائد الأعلى بفتح السجون وتعريض المساجين للخطر وروت أن أخاها حكى لها بالهاتف عن أحداث شغب سجن الفيوم خاصة أنه اقرب سجن لميدان التحرير، وقال لها: "العادلي حرق البلد.. أنا استحالة اسمح بكده". واتهمت الضابط جهاد حلاوة بقتل مساجين سجن القطا بالقليوبية وقتل اللواء البطران بعد أن تلقى الأمر بالقتل من الضابط عصام البسراطى مفتش سجن القطا الجنائي: "اضرب يا حلاوة"، وقالت إنه لديها "سي ديهات" تحمل اعترافات السجناء وقدمت بها أكثر من شكوى للنائب العام ولكن حتى الآن لم يتم البت في شكواها أو في شكوى أي من أسر الضحايا.