علمت "المصريون"، أن الملفات السياسية والإستراتيجية، ممثلة فى القضية الفلسطينية وملف حوض النيل والعلاقات مع دول الخليج والعلاقات المصرية مع الولاياتالمتحدة وإيران والتى كانت تخضع لإشراف المخابرات العامة المصرية ووزارة الخارجية طوال العقود الثلاث الماضية سيتم نقلها لتكون تابعة بشكل مباشر لرئاسة الجمهورية. يأتى ذلك بتوصية من مستشاري الرئيس محمد مرسى بضرورة نقل الإشراف على الملفات المشار إليها لمؤسسة الرئاسة، وهو ما يعطي مؤشرًا على أهمية كبرى داخل الرئاسة باستعادة الدور لمصر في العديد من القضايا الخارجية، فى ظل عدم نجاح المؤسسة الأمنية والدبلوماسية فى تحقيق نجاحات ملموسة فى إدارتها لهذه الملفات طوال السنوات الماضية، لاسيما ملفات السودان وحوض النيل وملف العلاقات العربية. وعبر الرئيس مرسى عن رفضه بشدة لاستمرار إدارة المخابرات العامة للملف الفلسطينى بشكل عام، والمصالحة الفلسطينية بشكل خاص، بعد أن حملها المسئولية عن تعثر التوصل لاتفاق نهائي بشأن المصالحة، على الرغم من أن الدكتور نبيل العربى وزير الخارجية السابق كان قد قطع شوطًا طويلاً فى هذا الملف بعد عدة أسابيع من سقوط النظام فى العام الماضى. وقالت مصادر مطلعة، إن الرئاسة تولى اهتمامًا كبيرًا باستعادة الدور المصري في المنطقة، وخاصة فى قضية الصراع الفلسطيني الإسرائيلي، التي كانت مثار نزاع بين الخارجية والمخابرات العامة، إبان الوزير الأسبق عمرو موسى، الذى كان رافضًا بشدة لتدخل المخابرات بقيادة اللواء عمر سليمان آنذاك فى شئون الوزارة ومحاولة نقل ولاية ملفات خاصة بها إلى الجهاز الأمنى. من جانبه، اعتبر الدكتور طارق فهمى رئيس وحدة الدراسات الإسرائيلية بالمركز القومى لدراسات الشرق الأوسط أن تعاطى الرئاسة مع ملفات من وجهة نظر سياسية وليس أمنية كما كان يفعل النظام السابق يستوجب نقل الإشراف على هذه الملفات إلى الرئاسة لضمان انتهاج سياسة واحدة. ورأى أن المشكلات التى شهدتها هذه الملفات خلال السنوات الأخيرة والتضارب فى السياسات لاسيما فيما يتعلق بأزمة مياه النيل قد خلق مشكلة إستراتيجية لمصر بشكل يستوجب إعادة النظر فى هذه الملفات خلال المرحلة القادمة، إذا كنا راغبين فى إعادة علاقات مصر الإقليمية والدولية إلى الإطار الصحيح. من جانب آخر، تسود أروقة الرئاسة حالة من الغموض حول مستوى تمثيل مصر فى قمة عدم الانحياز المقرر فى طهران. وتحدث مقربون من مرسى عن وجود اتجاه لتكليف نائبه المستشار محمود مكى لرئاسة وفد مصر خلال القمة حتى يتجنب إغضاب المملكة العربية السعودية ودول الخليج العربى فى حالة حدوث طفرة فى علاقات القاهرةوطهران.