علق الرئيس عبد الفتاح السيسي، على طبيعة العلاقات المصرية السودانية الآن و"ما ينتابها من مد وجزر"، قائلا إنها "تتسم بالخصوصية الشديدة، وتتعدى مرحلة الشراكة الإستراتيجية، إلى مرحلة المصير الواحد". وأضاف السيسى في حوار له مع الصحف القومية قائلاً: "أنا على اتصال دائم بالرئيس (السوداني) عمر البشير، وأرفض أية محاولات من شأنها النيل من عمق العلاقات بين البلدين". ومنذ فترة تشهد العلاقات بين الجارتين توترًا ومشاحنات في وسائل الإعلام، بسبب قضايا خلافية، منها النزاع على مثلث حلايب وأبو رماد وشلاتين الحدودي، وموقف الخرطوم الداعم لسد النهضة الإثيوبي، الذي تعارضه القاهرة، خشية تأثيره على حصتها من مياه نهر النيل.