رفض عدد من المفكرين الأقباط فكرة تشكيل "لوبى قبطى" بزعم حماية مصالح المسيحيين فى مصر، محذرين من تداعيات هذا المشروع على الوحدة وإشعال لهب الفتنة الطائفية، خاصةً أننا سنكون أمام لوبى إسلامى وقبطى يعرضنا لحرب أهليه كما حدث فى لبنان. واعتبر صفوت البياضى – رئيس الطائفة الإنجيلية- أنّ تشكيل لوبى قبطى يمثل استقواءً مرفوضًا بالخارج، مشددًا على رفضه لوجود حركة سياسية لها مطالب خارج مصر، واعتبر أنّ حقوق الأقباط يتم الحصول عليها من الداخل وليس الخارج. وأشار البياضى إلى أنّ الأقباط بدأوا مؤخرًا فى ممارسة حقهم فى التعبير عن الرأى وفى حالة وجود حجر على حريتهم فى إبداء رأيهم فسيكون من حقهم اللجوء إلى أى حلول بديلة. فيما رفض إكرام لمعى، المفكر القبطى، أيضًا الفكرة باعتبارها تدعو بشكل واضح إلى العنصرية كما تساعد على تأجيج الفتنة الطائفية بين المسلمين والأقباط فى مصر، مشيرًا إلى أن الأقباط لا بد أن يلجأوا إلى حل مشاكلهم فى إطار المواطنة والجماعة الوطنية، وبالتالى فنحن كمصريين، وليس كأقباط، ننادى بالحرية والمساواة وبحقوق الإنسان بشكل عام وليس الأقباط فقط. وقال رمسيس النجار- محامى الكنيسة، إننا نرفض تمامًا أن يكون هناك لوبى سواء للأقباط أو المسلمين، خاصة أن ذلك من شأنه أن يكون له تأثير كبير على الوحدة الوطنية بين قطبى الأمة، معتبرًا أنه لو حدث ذلك فسيتم تشكيل لوبى إسلامى مناهض يعرضنا لحرب أهلية كما حدث فى لبنان. وأكد أنه يؤيد وجود جمعيات ومؤسسات لحماية حقوق المواطنين المصريين ضد بطش السلطة سواء كانت هذه السلطة دينية أو قضائية أو تنفيذية، مشيرًا إلى أنه ضد السلطة الدينية لإيمانه بالمجتمع العلمانى المنفتح الذى يراعى حقوق الإنسان. فى المقابل اعتبر كمال زاخر، المفكر القبطى، أنّ فكرة تشكيل لوبى قبطى هى تجربة يشكل من خلالها الشباب خبراتهم السياسية المطلوبة فى الوقت الراهن.وأكد تأييده للفكرة باعتبارها ستساعدهم على الانخراط فى العمل السياسى. وأشار إلى أنه لو نجح هؤلاء الشباب فى تشكيل لوبى قبطى فإنهم سيقومون بتحقيق مطالب الأقباط والتى هى جزء من تحقيق مطالب المصريين جميعًا.