دعا تنظيم القاعدة في بلاد الشام، تنظيم الإخوان الإرهابي إلى رفع السلاح في وجه الدولة والدخول في صدام مسلح معها، من أجل تطبيق الشريعة الإسلامية، وترك العمل السياسي من أجل الجهاد ضد الجيش والشرطة، حسب زعمه. وطالب آدم يحيى عدن، القيادي بتنظيم القاعدة، أعضاء تنظيم الإخوان بعدم القبول بأنصاف الحلول والرجوع إلى ما قبل 30 يونيو؛ لأن ذلك يعني الإخفاق والفشل وعودة تقاسم السلطة مع من أسماهم بالعسكر، مطالبًا بإسقاط النظام بالكامل وبناء النظام الإسلامي القائم على الشريعة. كما طالب القيادي بتنظيم القاعدة، في تسجيل صوتي نشرته مؤسسة "السحاب" الذراع الإعلامية لتنظيم القاعدة، جماعة الإخوان بالاعتراف بالخطأ والرجوع إلى الحق بدلا من التمادي في الباطل، مشددة على أهمية الاعتبار من أخطاء الماضي وعدم تكرارها. وقال: إن صناديق الاقتراع لا يمكن أن تكون طريقًا لوصول الإسلاميين إلى السلطة مهما قدموا من تنازلات، منتقدا ما أسماه ب"الانقلاب العسكري في مصر وتمويل الدول الخليجية للحرب العلمانية ضد الإسلام" حسب زعمه. وأكد أن دول الغرب وقفت مع الانقلاب العسكري لأنها مع العلمانية، وأن الولاياتالمتحدة مهدت للانقلاب ودعمته رغم مخالفة ذلك للقانون الأمريكي؛ ولكنها تحايلت عليه، مشددا على وجوب قتال أمريكا، لأن عدم قتالها سيؤدي إلى استمرار الانقلابات الدموية في الدول الإسلامية. وقال أبو صهيب الجزائري، القيادي في القاعدة، في رسالة تناولتها عدة مواقع جهادية: "إن عقيدة الإخوان ومنهجهم للوصول إلى السلطة هو هدفهم، والشريعة عندهم وسيلة لاستقطاب الجماهير؛ لأن هذه الدول العربية يقطنها مسلمون فيبكون في الفضائيات وفوق المنابر على الإسلام وأهله وحكم الشريعة، فلما تولوا السلطة إذا هم ينكثون وحكموا القوانين الوضعية". وتابع: "إن منهج الإخوان في مصر، لن يجدي، وعلى شباب التنظيم، الانضمام للدولة الإسلامية في العراق والشام (داعش)، حتى يتمدد دين الله، وتعود الخلافة".