كان الكاتب الراحل محمد حسنين هيكل، يشير فى كتابه «خريف الغضب»، عن علاقة عبدالناصر والبابا كيرلس، والتى قال فيها إن العلاقات بين جمال عبدالناصر وكيرلس السادس كانت علاقات طيبة، وكان بينهما إعجاب متبادل، وكان معروفًا أن البطريرك يستطيع مقابلة عبدالناصر فى أى وقت يشاء، لافتًا إلى أن أبرز ما قدمته الدولة فى تلك الفترة للكنيسة والأقباط، هى بناء الكاتدرائية المرقسية بالعباسية. أما الراهب رفائيل أفامينا، سكرتير البابا كيرلس فى ذلك الوقت، فيؤكد فى كتاب «مذكراتى» أن البابا كيرلس عرض على الرئيس الراحل جمال عبدالناصر عام 1967 مشكلة المجلس الملّى بعد أن فشل فى أداء عمله وأدى إلى وجود عجز فى ميزانية البطريركية، وتوقفت البطريركية عن دفع مرتبات العاملين الموظفين فيها، واستمرت لعدة شهور، ما دفع الرئيس لإصدار قرار جمهورى بإنشاء مجلس إدارة أوقاف البطريركية، وحل المجلس الملى وتجميد نشاطه، وتبرع للبطريركية بمبلغ 10 آلاف جنيه لسداد العجز فى الميزانية. وفى حوار مع مجلة «الوسط» اللندنية، نشر فى 5 ديسمبر 1994، قال البابا شنودة الثالث، إن أيام البابا كيرلس السادس، كان حال البطريركية المالى منهارًا، لدرجة أن الرئيس جمال عبدالناصر تبرع عام 1967 بمبلغ 30 ألف جنيه لسداد العجز فى مرتبات الموظفين، وزاد انهيار الحالة المالية حين صدر قانون برفع الأجور، ولم يكن لدينا ما نسدد به هذه الزيادة، وبذلنا جهودًا جبارة لإصلاح الوضع المالى وتجاوزنا هذا الوضع حاليًا، فتم سداد الديون، وأصبحت هناك إيرادات موجودة فى البنوك، ما يدل على قوة العلاقة بين الكنيسة والدولة فى هذا الوقت.
