يُعد مسجد محمد علي بالقلعة من أهم المساجد الأثرية الشهيرة في القاهرة، حيث طلب محمد علي باشا من المعماري الفرنسي "باسكال كوست" تصميم جامعه بالقلعة سنة 1820م، لكن المشروع توقف، حتى عهد محمد علي باشا سنة 1830 إلى المهندس التركي "يوسف بشناق"، الذي صممه على الطراز العثماني مثل جامع السلطان أحمد بإسطنبول، حيث أقتبس المسقط الأفقي بما فيه الصحن والفسقية مع بعض التغييرات الطفيفة، وقام على أنشأه مهندس آخر لم يستدل على اسمه. ينقسم المسجد إلى قسمين في مجموعة مستطيلة البناء، هناك قسم شرقي بني للصلاة، وقسم غربي وهو الصحن الذي تتوسطه فسقية، أعد للقسمين بابين متقابلين، كسيت جدران المسجد من الداخل والخارج بالرخام الألبستر المستخرج من محاجر بني سويف، وكسيت الأكتاف الأربعة الحاملة للقبة الكبيرة حتى ارتفاع 11 متر، ويوجد بالجدار الغربي دكة المؤذنين بعرض المسجد ومقامة على ثمانية أعمدة من الرخام، فوقها عقود وبها أسقف ملونة لها سياج من نحاس، ويصعد إليها وإلى الممر العلوي المحيط بالمسجد من سلمي المنارتين. صمم القسم الشرقي على هيئة مربعة الشكل طول ضلعه من الداخل 41 مترا، وسطه قبة مرتفعة قطرها 21 مترا، وارتفاعها 52 مترا، عن مستوى أرضية المسجد، وهي محمولة على أربعة عقود كبيرة وتتكئ أطرافها على أربعة أكتاف مربعة، ومن حولها توجد أربعة أنصاف قباب، ونصف خامس يغطي بروز المحراب، بخلاف أربعة قباب صغيرة موزعة بأركان المسجد، وبدائر المسجد من أسفل شبابيك كتب على أعتابها من الداخل أبيات من قصيدة البردة، وجهة القبلة يوجد المحراب المبني من رخام الألبستر، ويجاوره منبر رخامي أضيف في عهد الملك فاروق الأول، وبالقرب منه المنبر الخشبي القديم المحلى بنقوش مذهبة وهو أكبر منبر في الآثار الإسلامية المصرية. يتوصل للصحن الذي يبلغ مساحته 53 مترا × 54 مترا من الباب الذي يتوسط الجدار البحري، تحته صهريج كبير، ويحيط به أربعة أروقة ذات عقود محملة على أعمدة رخامية، وتحمل قبابًا صغيرة منقوشة من الداخل ومغطاة من الخارج بألواح الرصاص مثل القبة الكبيرة وبها أهلة نحاسية، ويتوسط الرواق الغربي بالصحن برج من النحاس المثقوب والمحلى بالنقوش وبالزجاج الملون، بداخله ساعة دقاقة أهديت إلى محمد علي باشا من ملك فرنسا لويس فيليب سنة 1845م. ووافق مجلس إدارة المجلس الأعلى للآثار في جلسته الأخيرة يوم الثلاثاء الماضي على قبول ثلاثة عروض رعاية من قِبل شركات مصرية خاصة لرعاية مشروعات تنمية وتطوير الخدمات ببعض المواقع الأثرية بمحافظة القاهرة، ومن ضمن أعمال تطوير نظم الإضاءة بمسجد محمد علي بالقلعة وتطوير خدمات الزائرين بقصر محمد علي بالمنيل.