تعود بداية الجامع الكبير "مسجد الفتح"، إلى العصر الفاطمي، في زمن الحاكم بأمر الله، وكان موضعه يقع على النيل مباشرة بقرية "أم دنين" منطقة رمسيس الآن، حيث مقر الأسطول البحري للدولة الفاطمية، ومكانا لصناعة السفن الحربية والذي أنشأه المعز لدين الله الفاطمي ليكون المكان الذي يخرج منه الاسطول البحري في عزواته. سمى هذا الجامع ب"جامع المقس" وتعود أصل التسمية إلى معنى كلمة المقس المحرفة من كلمة المكس، وهي المكوس أي الضرائب، التي كانت تحصل على البضائع القادمة إلى مصر من خلال الميناء على النيل، ولكن هناك رواية أخرى ذكرت في كتاب خطط القاهرة لابن عبدالظاهر، أنه عرف بالمقسم أي المكان الذي تقسم فيه الغنائم بعد الفتح الإسلامي لمصر أيام عمرو بن العاص. وكان الجامع محاطا بحدائق النخيل ويفتح على أراضي "الطبالة" أو "الفجالة" الآن وكان بجواره استراحة للخليفة الفاطمي وكانت مخصصة لراحته وكان يخرج منها لتوديع الأسطوال المرابط على شاطىء النيل. وفى أيام صلاح الدين الأيوبى، تم تخريب هذا المنظر، حيث أقام بهاء الدين قراقوش، برجا عاليا سمي فيما بعد بقلعة المكس "المقس"، وفى هذا العهد أهمل هذا الجامع أو تعمد إهماله على اعتبار أنه من جوامع الفاطميين. وفى عام 1162م، أطاح فيضان مفاجئ لنهر النيل بأحد جدران المسجد، وظل الجامع على حالته المهدمة حتى عام 1368م، عندما جدد الوزير شمس الدين عبدالله المقسي الجامع، وهدم القلعة التي أمر صلاح الدين ببنائها فيما قبل.
