طالبت الكنائس بزيادة ممثليها فى الجمعية التأسيسية للدستور، وإصدار وثيقة تضمن مدنية الدولة موقعة من البرلمان والمجلس العسكري قبل تسليم السلطة لرئيس الجمهورية المنتخب، وقال الأنبا مرقس رئيس لجنة الإعلام بالمجمع المقدس للكنيسة الأرثوذكسية: ينبغى أن يمثل الأقباط 15% من أعضاء "التأسيسية"، ولا بد أن يضمن الدستور الجديد مبدأ مدنية الدولة وتفعيل المواطنة، والحفاظ على حقوق الإنسان، وأن تنص المادة الثانية منه على أن يحتكم الأقباط لشريعتهم. وأوضح الدكتور صفوت البياضى، رئيس الطائفة الإنجيلية، أنه تقدم باقتراح للبرلمان لإعداد وثيقة، من مادة واحدة، تؤكد مدنية الدولة، بصرف النظر عمن يتولى الرئاسة، على أن يقوم المجلس العسكري باعتمادها قبل تسليم السلطة للرئيس المنتخب بداية الشهر المقبل. وقال البياضى: ينبغي أن تضمن الوثيقة مدنية الدولة بكل وضوح، بعيدا عن الدولة الدينية التي تحكم باسم الله، وتحول الحاكم إلى مرسل من عند الله، الأمر الذي يرفضه المصريون مسلمين وأقباطا، كما ينبغي أن تنص على مبادئ ديمقراطية الحكم، والمواطنة والمساواة لكل أفراد الشعب. وطالب البياضى بأن يكفل الدستور الجديد للبلاد، حقوق البهائيين واللادينيين، من منطلق تحقيق تلك المواطنة، مستنكرا دعوات عدم الاعتراف بهم، قائلا: هل ينبغي علينا إعدامهم في ميدان عام؟ وقلل من مخاوف البعض من أن تطالب تلك الفئات فى حالة الاعتراف بهم دستوريا، بإباحة الشذوذ الجنسى أو الخروج على تقاليد المجتمع، كما هو الحال فى الغرب، مؤكدا أنه لا يبيح ذلك، ولكنه يطالب بتفعيل مبدأ المواطنة بعيدا عن الدين. فيما رفض الدكتور يوحنا قلتة، نائب بطريرك الأقباط الكاثوليك، إصدار تلك الوثيقة، وقال إنها بلا قيمة إذا أراد رئيس الجمهورية الجديد الانقلاب عليها، كما لا يوجد ضمان للالتزام بها، أو محاكمة من يخالفها، مشيرا إلى أن الفيصل إعداد الدستور الجديد للبلاد، ليشمل ما ينص على مدنية الدولة وتفعيل المواطنة، ويحدد بوضوح صلاحيات الرئيس، رافضا تحديد نسبة لمشاركة الأقباط فى"تأسيسية الدستور".