الانتخابات التى أجريت بالجامعات بعد ثورة 25 يناير وخلال فترة التعاطف مع «الإخوان المسلمين» أسفرت عن فوز العديد من المنتمين لتنظيم الإخوان بمواقع عمداء الكليات ورؤساء الجامعات، عندما بدأت الاحتجاجات والمظاهرات فى بعض الجامعات بشكل «محدود» فى أعقاب فض اعتصامي رابعة والنهضة قام أعضاء هيئة التدريس المنتمون للإخوان بدور فى تحريض الطلاب ودفعهم لإشعال المواجهة مع قوات الأمن بل واجتذاب قطاعات أخرى من الطلاب لتظاهرات التنظيم المحظور. إنهم ذات أعضاء هيئة التدريس الذين انتخبوا عمداء الكليات المنتمين ل «الإخوان» أيضا، لذلك تصاعدت احتجاجات الطلاب دون رادع ودون خوف من تحقيق أو مساءلة رغم أن قانون الجامعات يعطى لرئيس الجامعة سلطة إحالة الطلاب إلى مجلس التأديب من تلقاء نفسه أو بناء على طلب من عميد الكلية. وواصل أعضاء هيئة التدريس عمليات الشحن والتحريض للطلاب اطمئنانا إلى عدم مساءلتهم رغم أن القانون يمنح رئيس الجامعة الحق فى إيقاف أى عضو من أعضاء هيئة التدريس عن عمله. كما يعاقب القانون عضو هيئة التدريس بالعزل من الوظيفة إذا قام بفعل يمس نزاهته أو يذرى بشرفه، كذلك تجاهل عمداء الكليات تطبيق القانون على الطلاب الذين يثيرون الذعر والتدمير والعنف داخل الكليات، وتركوا عناصر تنظيم الإخوان لتنفيذ المخطط الإخوانى لتعطيل الدراسة، رغم أن المادة (127) من القانون تعطى لعميد الكلية توقيع جميع العقوبات على الطلاب المخالفين بما فيها الفصل النهائى من الجامعة فى حالة حدوث اضطرابات أو إخلال بالنظام يتسبب عنه أو يخشى منه عدم انتظام الدراسة أو الامتحانات، عدم المحاسبة وعدم المساءلة أدى لتزايد الاحتجاجات وتصاعد العنف والتدمير والاشتباكات داخل الجامعات.