كشفت محللون ومراقبون سياسيون عن ان هجمات11 سبتمبر كانت جزءا من مؤامرة نفذتها الحكومة الامريكية لتبرير شنها الحرب علي افغانستان والعراق وفشلت ادارة بوش في دحض اي اتهام لها بالمؤامرة واشارت صحيفة الجارديان البريطانية الي ان فكرة المؤامرة كان يؤمن بذلك من داخل وكالة الاستخبارات المركزية وقدامي المحاربين والاكاديميين. كما اشارت الي استطلاع رأي جري عام2006 بين ان هناك1 من بين كل3 امريكيين يعتقدون ان ادارة الرئيس الامريكي جورج بوش كان لها يد في تلك الهجمات الوحشية وقالت الصحيفة ان كتاب ديفيد جريفين استاذ في علم اللاهوت كتب9 كتب يوضح فيها ان النظام الامريكي هو العقل المدبر لتلك الهجمات وذلك لتبرير الهجوم الامبريالي بالشرق الاوسط ولتحميل المسئولية للقاعدة. واكد جريفين ان مكالمات الاستغاثة التي تمت من علي متن الطائرة المختطفة كانت مزورة وذلك لأن الهواتف المحمولة لا تعمل في الجو باستثناء سجلات الهاتف التي توضح تلك النداءات التي وجهتها باربرا أولسن لزوجها المحامي العام للولايات المتحدة لإبلاغه في مكالمة يائسة باختطاف الطائرة رقم77 كما قام ركاب آخرين كانوا في الجزء الخلفي من الطائرة بمكالمات متشابهة. وذكرت الصحيفة ان روبين سوان مؤلف مشارك في كتاب اليوم الحادي عشر الذي صدر اخيرا عن تلك الهجمات تحدث في كتابه عن القصة الكاملة للهجمات وعن زعيم تنظيم القاعدة السابق اسامة بن لادن وتناول ي كتابه ايضا نشأة نظريات المؤامرة وتعرض في كتابه لمسألة رفض الغرب مواجهة الاسباب الحقيقية لهجمات سبتمبر كما صرح ستفين جونز فيزيائي يدرس بجامعة بريجام يونج انه يشعر بالارتياح بعد ان اعلن امتلاكه مجموعة من الادلة العلمية تؤكد ان مرتكب تلك الهجمات هي الحكومة الأمريكية نفسها واستند جونز علي تحليله لعينات من الغبار والركام من موقع الحادث حيث اكتشف وجود مادة حارقة نشطة في ذلك الغبار وهو ما يبرز الكثير من التساؤلات وذلك رغم انتقاد كثير من الناس له لنشره ذلك بعد مرور4 سنوات من الحادث.