كشفت قائمة أدلة الثبوت فى قضية خلية طنطا الإرهابية التى كانت تستهدف أفراد القوات المسلحة والشرطة ومنشآت الدولة عن مفاجآت مثيرة حيث أقر عدد من المتهمين أمام المستشار تامر الفرجاني "المحامى العام الأول لنيابات أمن الدولة" باعتناق الأفكار الجهادية المتطرفة والتى تقوم على تكفير الحاكم ومؤسسات الدولة خاصة الجيش والشرطة ووجوب الخروج عليها. وأقر المتهم الاول إبراهيم محمد ابراهيم مدرس أزهرى فى اعترافاته أمام النيابة أنه كتب بخط يده فى إحدى مفكراته أن أهل مصر أهل شرك وضلال فى هذا الزمان لقيام الدولة على المواطنة والمساواة وحرية الاعتقاد والشرك وغايتها التعايش السلمى وحرية السلوك والانحلال الاخلاقى وحرية الفن والتعرى وأن المسلم برئ من هذه الدولة أما من وافقها فهو كافر كفرا بواحا ومرتدا ردة سافرة. كما أدلى المتهم التاسع أمام المستشار محمود إسماعيل رئيس نيابة أمن الدولة بانضمامه إلى جماعة إرهابية أسسها المتهم الأول إبراهيم محمد ابراهيم فى يناير 2014 وأنه واظب على حضور دروس دينية بمنزل المتهم الأول تناول فيها الأفكار التكفيرية القائمة على تكفير الحاكم ومعاونيه ووجوب الخروج عليهم بدعوى عدم تطبيق الشريعة الإسلامية كما أن المتهم الأول أمده بمطبوعات ورقية كتب بعضها بخط يده لترسيخ تلك العقيدة لديه. وأقر المتهم العاشر بانضمامه للخلية الارهابية على أثر علاقة مصاهرة ربطت بينه وبين المتهم الاول واظب على تلقى دروس دينية بمنزله كما أقر بملكيته المطبوع الورقى من دولة العراق الاسلامية إلى أهلنا المسلمين فى مصر الحبيبة. وأضافت التحقيقات إن المتهم الأول أنشأ وأسس وأدار وتولى زعامة جماعة تدعو إلى تكفير الحاكم ووجوب الخروج عليه، وتغيير نظام الحكم بالقوة، والاعتداء على أفراد ومنشآت القوات المسلحة والشرطة واستباحة دماء الأقباط واستحلال أموالهم وممتلكاتهم ودور عبادتهم، واستهداف المنشآت العامة بهدف الاخلال بالنظام العام وتعريض سلام المجتمع وأمنه للخطر، وكان الإرهاب من الوسائل التى تستخدمها تلك الجماعة فى تنفيذ أغراضها، وصنع كاتمات صوت مما تستخدم على الأسلحة النارية. فى حين تولى المتهم الثانى الهارب أحمد محمد مصطفى الشيخ قيادة الجماعة، وانضم المتهمون من الثالث حتى الثالث عشر للجماعة الإرهابية. كما احتوت الحواسب على ملفات فيديو عن دورة الاستطلاع والكمائن البشرية والتمويه وملفات صوتية عن الاستدراج والتحقيق والاستجواب الاستخبارى والمبادئ العامة لأمن الاتصالات والسفر وكيفية الاختراق، كما أن عددا من المطبوعات تضمنت شرحا تفصيلا لكيفية استخدام الاسلحة النارية الخفيفة والثقيلة وحرب المدن والعصابات.