أكد الدكتور عماد شهاب الأمين العام للمجلس الإقتصادى والإجتماعى بجامعة الدول العربية رفض المجلس قرار الجمعية العمومية للاكاديمية العربية للعلوم والتكنولوجيا والنقل البحرى بالتجديد للرئيس الحالى واعتبره مخالفا لاحكام النظام ، وذلك بعد أن تلقت الأمانة العامة عدة شكاوى ضد الأكاديمية العربية للعلوم والتكنولوجيا والنقل البحري ورئيسها د. محمد فرغلي تتعلق في مجملها بإجراءات فصل تعسفي لبعض العاملين وطلبات لزيادة المعاشات بشركة الاتحاد العربي للنقل البحري (فامكو) التي يترأس مجلس إدارتها د. محمد فرغلي إعتباراً من أبريل 2009، ومنع بعض الموظفين من دخول مقر الأكاديمية بالإضافة إلى سوء إستخدام الأكاديمية للمنح الخارجية وهو أمر يرتبط بالبلاغ المقدم من وزير النقل إلى النائب العام بشأن تجهيزات مشروع تطوير معهد وردان والممولة من المنحة المقدمة من الولاياتالمتحدةالأمريكية لحكومة جمهورية مصر العربية وكذلك مخالفات رئيس الأكاديمية للوائح الإدارية والمالية فيما يتعلق بالتعيين والترقية. وأضاف أن المجلس الإقتصادي والإجتماعي بإعتبارة المجلس المنوط به المتابعة والإشراف على أداء المنظمات العربية المتخصصة كان قد أصدر قراراً في دورته (82) بتاريخ 28/8/2008 نص على الموافقة على تعيين د. محمد فرغلي (وكان آنذاك المدير العام المؤقت للأكاديمية) من تاريخ تعيينه في أكتوبر 2007 حتى نهاية فترة ولايته والتي تنتهي في أكتوبر 2011 كما نص القرار على إلغاء منصب رئيس الأكاديمية والالتزام بشكل دقيق بالإجراءات المتعلقة بإنتخاب المدير العام في الدورات القادمة وهو ما تم مخالفته في قرار الجمعية العامة للأكاديمية المنعقدة في نوفمبر 2010 والمشار إليه بعاليه بالتجديد للدكتور فرغلي لفترة جديدة قبل عام كامل من نهاية ولايته بالمخالفة لما قرره المجلس الاقتصادي والاجتماعي ، و بناء عليه تم عرض الموضوع على الإجتماع الوزاري للمجلس الإقتصادي والإجتماعي على المستوى الوزاري الذي عقد فى 5مايو 2011 وبعد مشاورات مستفيضة وبحث الموضوع من كافة جوانبه إتخذ المجلس قراريين رقم 1868 ورقم 1869 اللذين تم تبنيهما بالإجماع ونصا على إلغاء قرار الدورة (12) للجمعية العامة للأكاديمية المشار إليه بعاليه والخاص بالتجديد للدكتور محمد فرغلي لولاية ثانية بإعتبار أن هذا القرار جاء مخالفاً لأحكام المادة (9) من النظام الأساسي الموحد لموظفي المنظمات العربية المتخصصة، وقيام الأكاديمية بالإعلان فوراً عن شغور منصب رئيس الأكاديمية بانتهاء ولاية الرئيس الحالي اعتباراً من 24 اكتوبر 2010 وذلك من خلال مذكرة رسمية ترسل إلى الدول الأعضاء.