اعتبرت الحكومة العراقية أن استضافة الأردن لمؤتمر يضم مجموعة من العراقيين المعارضين للنظام السياسي "هو عمل غير مقبول". وطلب مجلس الوزراء العراقى من وزارة الخارجية متابعة الموضوع وإبلاغ مجلس الوزراء بتداعياته ونتائجه، كما قررت السلطات العراقية استدعاء سفير العراق لدى الأردن للتشاور. بدوره، قال المتحدث باسم القائد العام للقوات المسلحة الفريق قاسم عطا في مؤتمر صحافي إن "جميع الذين شاركوا في مؤتمر عمان من المطلوبين أمام القضاء العراقي بتهمة الإرهاب"، وأضاف أن "بين المشاركين أعضاء سابقون في حزب البعث ممن تلطخت أيديهم بسفك دماءالعراقيين". وذكر عطا أسماء بعض المطلوبين للقضاء وأبرزهم حارث الضاري رئيس هيئة علماء المسلمين، والنائب السابق عبد الناصر الجنابي. وقال عطا، وهو يشغل منصب مدير عمليات المخابرات ،"نحن سنلاحقهم عن طريق الإنتربول، ونطالب الجانب الأردني بتسليم هؤلاء المتهمين لنا لأنهم تآمروا بشكل صريح ضد العملية الديمقراطية". هذا وقد شارك في المؤتمر الذي عقد فى الأردن وأطلق عليه اسم "المؤتمر التمهيدي لثوار العراق" شخصيات تمثل "هيئة علماء المسلمين" السنة في العراق وحزب البعث المنحل وفصائل من "المقاومة المسلحة" و"المجالس العسكرية لثوار العراق" و"المجالس السياسية لثوار العراق" وشيوخ عشائر.