أكد الدكتور محمد بهاء الدين، وزير المواد المائية والرى، أن اتفاقية عنتيبى غير ملزمة لمصر، وأنها تلزم الدول الموقعة عليها فقط، وبالتالي "لسنا طرفا في اتفاقية لم نعترف بها؛ لأنها اتفاقية منقوصة ولا يعترف القانون الدولي بها لأن دول المصب (السودان ومصر) لم توقع عليها حتى الآن". وأشار الوزير - فى تصريحات له اليوم الأحد - على هامش ورشة عمل حول "إدارة المياه فى دلتا النيل فى ظل التغيرات المناخية" التى تنظمها الشراكة المائية المصرية بالمشاركة مع الشراكة المائية العالمية والبرنامج الإنمائي الهولندي إلى أن مصر لن توقع على اتفاقية عنتيبى قبل تعديل نقاط الخلاف العالقة الثلاث والتي تتمثل في ضرورة تطبيق مبدأ الإخطار المسبق عن أية مشروعات ترغب في إقامتها دول حوض النيل لاستغلال موارد النهر. كما أوضح أن من بين نقاط الخلاف الثلاث الإشارة إلى الاتفاقيات التاريخية التي وقعت بين مصر ودول الحوض أيام الاستعمار والمعروفة باتفاقيات عام 1929، بالإضافة إلى موافقة مصر على مبدأ اتخاذ القرارات داخل مفوضية النيل المقترح إنشاؤها بعد الانتهاء من التوقيع على عنتيبي بالأغلبية وليس بالإجماع بشرط أن تكون مصر والسودان ضمن الأغلبية التي توافق على مشروعات تنمية موارد النهر على مستوى الأحواض الفرعية. وأضاف الوزير أن مصر أبدت استعدادًا للتفاوض حول النقاط الثلاث محل الخلاف قبل توقيع الاتفاقية لافتا إلى أن مصر ليست ضد التنمية فى دول حوض النيل، حيث سبق لها أن وافقت علي إنشاء سد بوجاجالى الأوغندى بعد إجراء الدراسات الفنية التي أكدت عدم تأثر الأمن المائي المصري بإنشائه.