في أول تعليق رسمي من الكنيسة علي حادثة الإسكندرية قال الأنبا أرمية السكرتير الشخصي لقداسة البابا :"نحن نأسف لما حدث، وقد سبب لنا ألما كبيرا جدا، وجرحا عميقا، لأن ما حدث بعيد كل البعد عن صورة المحبة الحقيقية والتعايش السلمي الذي يحيا فيه شعب هذا الوطن". وقال أرمية "هناك يد غير أمينة تعبث في أمن مصر، ويجب ان يتعاون المصريين جميعا لإجتثاث هذة اليد". وقال الانبا أرمية إن البابا شنودة سيصلي كالمعتاد قداس عيد الميلاد المجيد في الكاتدرائية المرقسية بالعباسية مساء الخميس المقبل، وقد انتدب قداسة البابا الأنبا بخميوس مطارن البحيرة لرئاسة الصلاة على جثامين ضحايا الحادث، ومتابعة الامور". وقال أرمية: "إننا نثق في حكمة الرئيس مبارك الذي قاد هذا الوطن في أشد المحن، ونعلم أن المحبة المتبادلة". وأوفد البابا شنودة الثالث بابا الاسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية الأنبا باخوميوس مطران البحيرة ومرسى مطروح الى الاسكندرية لمتابعة أحداث الاسكندرية وإبلاغه بكل التطورات، وكلف البابا شنودة الانبا باخوميوس بتهدئة الاقباط ومنع تزايد التوتر وإجراء حوار هادىء مع كل الاطراف خاصة الأمن. يذكر أن الاسكندرية تتبع البابا مباشرة، ولايوجد بها مطران لانها مقر الكرسى البطريركى.