رصدت غرفة عمليات 6 إبريل بالأقصر تجاوزات لأنصار مرشحى الرئاسة حمدين صباحي ومحمد مرسي، حيث قام بعض المراقبين على اللجان من منظمات المجتمع المدني داخل لجنة الشهيد محمود حسن بقرية الدير مركز إسنا جنوبالأقصر لجنة 32 سيدات بحث السيدات على التصويت ل"صباحي". كما رصدت الغرفة طرد أعضاء حزب الحرية والعدالة من أمام لجنة مدرسة الشيخ على بمدينة الكرنك بالأقصر من قبل مستشار اللجنة، بعد قيامهم بحث المواطنين للتصويت للمرشح الرئاسي محمد مرسي أكثر من مرة أمام اللجنة. كما شهدت لجان بمحافظة الأقصر إقبالا متوسطا من قبل الناخبين حيث حضر بعضهم منذ السادسة صباح اليوم، ومن اللجان التي تأخر فتحها لجنة مدرسة الشهيد مرتضي، لجنة مدرسة حاجر الطود تأخرت ساعة، ولجنة مدرسة الطود الابتدائية تأخرت ساعة ونصف بسبب عدم وصول القضاة ومندوبي المرشحين. ويتوزع الناخبون الذين لهم حق الانتخاب والبالغ عددهم 673 ألفًا و986 ناخبًا وناخبة على 188 لجنة اقتراع فرعية، في الوقت الذي اعتمدت فيه لجنة الانتخابات الرئاسية مبدأ قاض لكل صندوق انتخابي، فيما يبلغ عدد اللجان الانتخابية العامة (المشرفة على لجان الاقتراع) 188 لجنة، ويبلغ إجمالي المقرات الانتخابية 139مقرا، ويشارك في الإشراف على العملية الانتخابية 188 قضاة من مختلف الهيئات القضائية.
