رغم أنه يضم معروضات ومقتنيات تقدم قراءة تاريخية للزراعة وتطورها في مصر منذ عصر الفراعنة إلا أن مقتنيات المتحف الزراعي المصري لم تسجل حتي الآن كآثار. ويقول المهندس محمد علاء الدين نزيه المدير العام للإدارة العامة للمتاحف والمعارض الزراعية انه قد انتهت لجنة من وزارة الآثار من معاينة ثلثي مقتنيات المتحف, كما أن هناك7 متاحف تضم العديد من المقتنيات ذات قيمة تاريخية منها مدفع من عصر السلطان عبدالحميد ونافورة من الرخام علي الطراز اليوناني وقطعة من كسوة الكعبة مرسلة من مصر للسعودية في القرن ال19 والباب الأصلي للقصر وطوله حوالي16 مترا. وأضاف: أن المتحف يعد ثاني أهم مكان متخصص في الزراعة علي مستوي العالم بعد المتحف الزراعي في العاصمة المجرية بودابست وهو من اكبر المتاحف وأقدمها في مصر'57 عاما' ومقام علي مساحة30 فدانا, كما يضم تابوتا لطفل ينتمي للأسرة الأولي مصنوعا من سيقان نبات الجروان ومجرش للحبوب يعود لعصر ما قبل التاريخ منذ15 ألف سنة وتمثال نيلوس اله النيل في العصر اليوناني الروماني, والنسخة الوحيدة منه في العالم, وأشكالا للفأس مصنوعة من الخشب منذ حوالي2500 سنة قبل الميلاد وشجرة البرساء التي انقرضت من مصر منذ القرن ال13 الميلادي وجدت في مقبرة الملك توت عنخ أمون.
