حذرت بعض الجمعيات العلمية من أن ختان الذكورلا ينبغى أن يحل محل الواقى الذكرى . أثبتت دراسة علمية أن الختان لا يقلل من الإشباع الجنسي ولذا لا ينبغي أن تكون هناك تحفظات على استخدامه كوسيلة لمكافحة مرض الإيدز. وتشير بعض الدراسات إلى أن الختان يمكن أن يساهم فى خفض معدلات الإصابة بمرض نقص المناعة الإيدز بنسبة 50%. وتقف عدة أسباب وراء الحماية الذى يقدمها الختان من الإصابة بالإيدز من بينها أن خلايا معينة فى الجلدة التى تقع فى مقدمة العضو الذكرى قد تكون أهدافا محتملة لفيروس الإيدز، كما أن البشرة التى تلى هذه الجلدة تصبح أقل حساسية ومن ثم تنخفض احتمالات نزيفها مما يقلل من خطر العدوى فى أعقاب إجراء الختان.