تسللت آفة الخلافات إلى الهيئات الوطنية للصحافة والإعلام، قبل الاجتماع الرسمي للمجلس الأعلى لتنظيم الإعلام، والهيئة الوطنية للإعلام، وقبيل البدء في مهامهما المخولة لهما. أول الخلافات طفت على السطح أول خلافات الهيئة والمجلس حول المقر الرسمي لكل منهما، لتنأى الهيئة الوطنية للصحافة عن هذا الخلاف بمقرها الثابت بشارع قصر العيني كبديل للمجلس الأعلى للصحافة. الصراع على المقر مقر وزارة الإعلام بماسبيرو، أصبح فريسة يتنافس عليه المجلس والهيئات، بادر كل منهما في تقديم الأسانيد والأدلة القانونية التي تؤكد أحقية كل طرف في المقر، واشتعلت الأزمة مع الخطوة الاستباقية التي اتخذها حسين زين، رئيس الهيئة الوطنية للإعلام وقرر أن يتخذ من الطابق التاسع مقرًا للهيئة، الأمر الذي أغضب الكاتب الصحفي مكرم محمد أحمد، رئيس المجلس الأعلى لتنظيم الإعلام، وبخاصة أن لقاء وديا جمع بين رؤساء الهيئتين واتفقا على عدد من الملفات كان من بينها المقر. تقديم مذكرة للحكومة وفي هذا الصدد، قال مكرم محمد أحمد، رئيس المجلس الأعلى لتنظيم الإعلام، إنه تقدم بمذكرة إلى المهندس شريف إسماعيل، يطالبه بسرعة تسليم مقر وزارة الإعلام إلى المجلس ليكون المقر الرسمي لها، وبخاصة أن المجلس يقوم بنفس اختصاصات الوزارة، فضلا عن اختصاصات أخرى. وأضاف مكرم: «فوجئنا أن حسين زين، رئيس الهيئة الوطنية للإعلام، سيطر على الدورين التاسع والثامن في ماسبيرو، وهذا لا يليق بعلاقات العمل»- على حد قوله-. جهاز إداري للمجلس وأكد رئيس الأعلى لتنظيم الإعلام في تصريحات خاصة ل«فيتو»، أنهم طالبوا رئيس الحكومة في المذكرة بسرعة تطبيق القانون الذي يؤكد حق المجلس في المقر، ولاسيما أنه الأعلى لتنظيم الإعلام ليس لديه جهاز إداري، ولا يرغب في إنشاء جهاز جديد بتكلفة جديدة تتكبدها الدولة، في ظل وجود الديوان الإداري لوزارة الإعلام معطلًا، ويمكن إعادة تشغيله ليكون بمثابة جهاز إداري للمجلس، لافتا إلى أن أعضاء المجلس طالبوا بعقد الاجتماع المقبل لهم في المقر الجديد للمجلس. مقر اتحاد الإذاعة والتليفزيون قال حاتم زكريا، عضو المجلس الأعلى لتنظيم الإعلام، إن المقر الدائم للمجلس رسميًا هو مقر وزارة الإعلام سابقًا بماسبيرو، لافتًا إلى أن الاجتماع المقبل ربما يكون في ماسبيرو، وهذا وفقًا للقانون لأنه حل محل الوزارة وله نفس اختصاصاتها، وبالتالي تحل الهيئة وفقًا للقانون محل اتحاد الإذاعة والتليفزيون بالدور الثامن، وأنهم طالبوا من خلال المذكرة التي تقدموا بها إلى المهندس شريف إسماعيل تضمنت أن يؤول الجهاز الإداري التابع لوزارة الإعلام يعمل بالمجلس تلقائيا. مكتب هيئة الاستعلامات فيما أكدت مصادر مطلعة بماسبيرو، أن المبنى العتيق الخاص باتحاد الإذاعة والتليفزيون على كورنيش النيل هو بالكامل ملك الهيئة الوطنية للإعلام، موضحة أن نص المادة 83 لقانون الهيئات حددت أن مقر الهيئة الوطنية للإعلام بمبنى التليفزيون الرسمي، وأن الهيئة بديل اتحاد الإذاعة والتليفزيون وتؤول كل ممتلكاته لصالحها. ملك اتحاد الإذاعة والتليفزيون وأضافت المصادر ذاتها أن مكتب وزير الإعلام وجميع المكاتب الخاصة بديوان الوزارة مؤجرة من قبل الاتحاد، ولا تعد ملكية خاصة لوزارة الإعلام نهائيا، مشيرة إلى أن هناك مكتبا خاليًا كان مخصصا لوزير الإعلام بهيئة الاستعلامات بمدينة نصر يمكن لأعضاء المجلس الأعلى لتنظيم الإعلام استغلاله واتخاذه مقرا لهم.
