تعانى العديد من المستشفيات ببنى سويف، من مشكلة التخلص من النفايات والمخلفات الخطرة بها، وأصبحت تلقى بظلالها على الساحة بالمحافظة وتنذر بأزمة وشيكة بين المستشفيات المتضررة من جهة ومديرية الصحة ببنى سويف من جهة أخرى والتى تحافظ بدورها على صحة المواطن السويفى مع "وقف التنفيذ". كما أن نقل النفايات، تفجر قضية أخرى ألا وهى إهدار المال العام، فالمشكلة تكمن فى عدم نقل النفايات بشكل منتظم من المستشفيات، بسبب التعطل الدائم للمحارق الطبية التابعة لمديرية الصحة مما يتسبب فى تعفن تلك النفايات بالمستشفيات لثمثل كارثة بيئية على صحة المواطن.
وفى حالة عمل تلك المحارق، فهى لا تقوم بعمليات الحرق الكامل بداخلها مما يتسبب فى خروج الدخان الأسود منها المحمل بالروائح الكريهة، التى تتأذى منها البيئة وصدور الأهالى، وخروج النفايات من المحارق بهذا الشكل يجعلها محملة بالأمراض والتلوث ولا يشفع لها الدفن.
وتكمن الإشكالية الأخرى، فى ارتفاع تكلفة نقل النفايات التى تصل إلى مئات الآلاف فى العام الواحد، بعد تغيير سعر النقل ليصبح بالكيلو، بعد أن كان بالاشتراك السنوى، وهو ما يفتح باب التلاعب بأموال الدولة فى حال اتفاق العامل المسؤل عن تسليم النفايات من المستشفيات مع مسؤل الصحة لرفع الوزن لتزداد القيمة ويحصلون هم على الفرق.