الوادي الجديد تنفرد دون غيرها من المحافظات المصرية في أن مشاكل مياه الشرب بها مزدوجة مما يضاعف من معاناة الاهالي اليومية هناك 50% من قري المحافظة لم تصلها مياه الشرب النقية ولاتزال تعتمد علي المياه الجوفية النابعة من جوف الأرض مباشرة دون المرور علي محطات لتنقيتها من الشوائب فضلا عن ارتفاع نسبة الحديد والمنجنيز بها ونقص في عنصر اليود مما يتسبب في إصابة المواطنين بالعديد من الأمراض خاصة مرض الغدة الدرقية لنقص نسبة اليود في المياه الجوفية أما المشكلة الثانية فتتمثل في انقطاع مياه الشرب بصفة مستمرة خلال الفترة المسائية لعدم وجود خزانات علوية بمدن وقري المحافظة فضلا عن عدم قدرة برك مياه الصرف في استيعاب كميات مياه إضافية وهي مشكلة عمرها 40 عاما وطوال تلك السنوات لجان تعقد وتنفض دون جدوي وهروبا من هذه المشكلة التي تسببت في صداع مزمن في رأس كل محافظ يتولي قيادة الوادي الجديد يتم قطع المياه ليلا عن جميع المساكن فضلا عن حفر برك لاستقبال مياه الصرف الزائدة وعند امتلائها تحفر بركة أخري وهكذا حتي تحولت ألاف الأفدنة الصالحة للزراعة إلي برك للصرف الصحي كعين الشيخ بالخارجة وموط 3 بالداخلة. يقول عبد العاطي إمام وكيل المعهد الأزهري بقرية الهنداو ان مياه الشرب دائما مقطوعة عن القرية ولا تعمل سوي ساعات محدودة خلال النهار فقط أمام الفترة المسائية فلا تعرف المياه طريقها إلي منازلها علي الرغم من حفر بئر جديدة لمياه الشرب وإنشاء محطة متكاملة لتنقية المياه من الحديد والمنجنيز لكن تقف مشكلة صرف المياه اكبر عائق أمام تشغيل البئر. أما أمل والي رئيس مجلس محلي مركز الخارجة السابق فيقول ان مدينة الخارجة هي المدينة الوحيدة علي مستوي الجمهورية التي لا تصل إليها مياه الشرب بعد الساعة الثامنة مساء بسبب إغلاق جميع الآبار الجوفية خلال تلك الفترة لعمل الصيانة اللازمة لها فضلا عن تخفيف العبء من علي برك الصرف الصحي التي تحولت لخطر كبير بسبب تدفق المياه إليها بكميات كبيرة ولا توجد وسيلة لتصريفها وإعادة استثمارها مرة أخري وفشلت جميع المسكنات لحل تلك المشكلة وأشار إلي أن انهيار جسر أحد تلك البرك في مارس 98 والذي تسبب في كارسة الهنداو الشهيرة وغرق القرية بالكامل وتشريد 454 أسرة وحولتها مياه المجاري من قرية آمنة إلي بركة جديدة للصرف الصحي الملوث ولذا يأخذ كل مسئول حذره ويفضل انقطاع المياه عن حدوث كوارث مماثلة. ويقول كمال فؤاد منسق حزب الكرامة بالوادي الجديد ان المواطن في الوادي الجديد يجد صعوبة في الحصول علي كوب مياه آمن وصحي بالكلور أكد الدكتور محمد بخاري وكيل وزارة الصحة بالمحافظة أن مياه الشرب بالوادي الجديد من أنقي المياه علي مستوي العالم فهي مياه جوفية خالية من جميع الشوائب وقد تم تحليل عينات من تلك المياه من مناطق مختلفة بالمحافظة في معامل وزارة الصحة وأكدت سلامة المياه وجودتها وصلاحيتها وللاستخدام لكن المشكلة الوحيدة هي نقص مادة اليود في المياه الجوفية بصفة عامة وحلا للمشكلة يتم تزويد المياه بالكور واليود من خلال محطات تنقية مياه الشرب وقد نجحت المحافظة في حل المشكلة من خلال إنشاء محطات تنقية صغيرة في 80% من الآبار الجوفية التي تم حفرها ويجري حاليا استكمال بقية الآبار بالقري الصغيرة والتجمعات العمرانية الجديدة. علي الجانب الأخر تقوم وزارة التربية والتعليم من خلال المدارس بتوزيع فطائر علي تلاميذ المدارس مزودة باليود لعلاج النقص الناتج عن المياه الجوفية. قالت المهندسة مني محمد علي مدير عام المرافق بالمحافظة ان مشكلة مياه الشرب في طريقها للحل بمدينة الخارجة بعد تفجير بئر الشرب بحي القلعة بتكلفة 6 ملايين جنية ويخدم أحياء البساتين والمروة وعين الشيخ والبري والبلد القديمة فضلا عن رفع كفاءة محطة مياه الأمل وإنشاء 8 محطات لتنقية مياه الشرب من الحديد والمنجنيز بالتجمعات العمرانية الجديدة فضلا عن إحلال وتجديد محطة تنقية مياه المنيرة ومحطة تنقية ناصر الثورة ومحطة المكس القبلي ومحطة عدن بواحة باريس ومحطة تنقية الزهراء القديمة بمدينة الخارجة بتمويل واشراف من شركة مياه الشرب والصرف الصحي بالوادي الجديد.