عكست زيارات الرؤساء المصريين للكاتدرائية المرقسية بالعباسية، تاريخ طويل من العلاقات التى تنوعت فى كثير من مراحلها بين الشدة و اللين والخصام والإنسجام، وقد كان للزيارة الأخيرة للرئيس عبد الفتاح السيسي للكاتدرائية لتهنئة الأخوة المسيحيين بعيد الميلاد المجيد كبير الاثر فى تدعيم وتأكيد مبدء الوحدة الوطنية، الذى تأثر كثيراً بمقاطعة الرئيس المعزول محمد مرسى لحضور المناسبات القبطية ولم تكن تلك الزيارة الأولى التى يقوم بها رئيس مصرى للمقر الباباوى فقد سبقه إلى ذلك عبد الناصر والسادات والمخلوع مبارك. عبد الناصر والتأسيس كانت البداية مع الرئيس الراحل جمال عبدالناصر، الذي قرر إنشاء كاتدرائية كبرى جديدة تليق بوضع مصر وكنيستها التي يتبعها ملايين من مسيحيي الشرق، حيث خصص 100 ألف جنيه لبناء الكاتدرائية، في عهد البابا كيرلس السادس. فكان الرئيس الراحل هو أول رئيس يزور الكاتدرائية المرقسية بالعباسية فى يوم وضع حجر الأساس 24 يوليو 1965م، وقام بزيارتها مرة ثانية برفقة الإمبراطور هيلاسلاسى إمبراطور إثيوبيا في حفل افتتاح الكاتدرائية في 25 يونيو 1968. فيديو نادر للزعيم الراحل جمال عبد الناصر و هو يقوم بأفتتاح الكاتدرائية السادات والصراع المكتوم وبعد رحيل عبدالناصر ولحق به البابا كيرلس السادس، وصعد لسدة الكرسى البابوى البابا شنودة الثالث، في عهد الرئيس الراحل أنور السادات، ومرت سنوات من الصراع المكتوم بين الطرفين حتى جاءت الزيارة الأولى والأخيرة للسادات إلى الكاتدرائية في أكتوبر 1977، و ظهر فيها البابا شنودة وهو يؤدى صلاته بالتزامن مع صلاة الظهر التي أداها الرئيس السادات ونائبه وقتها حسنى مبارك، وممدوح سالم، رئيس الوزراء آنذاك.
السادات لم يزر الكاتدرائية مرة أخرى حتى جاءت قرارات سبتمبر التي حدد فيها السادات إقامة البابا وسحب التصديق على قرار تعيينه كبابا للكنيسة الأرثوذكسية، وعين لجنة من 5 أساقفة لإدارة شؤون الكنيسة، قبل أن تنتهى الأزمة عقب اغتيال السادات في أكتوبر 1981.
جنازات مبارك بعد الصدام الذي عاشته البابوية في عهد السادات إلا ان تلك الصدامات أزيلت بعد تولى حسني مبارك مقاليد الرئاسة في 14 أكتوبر 1981، وقام بإجراء عدد من الزيارات الخارجية، قام البابا شنودة بإيفاد بعض الأساقفة لأبناء الكنيسة من المتواجدين بالمهجر لتهدئة الأجواء وضرورة الترحيب بالرئيس حفاظًا على صورة مصر، وكان هناك عدة محاولات لإلغاء تحديد إقامة البابا شنودة الثالث، إلى أن قام مبارك في 3 يناير 1985 بإصدار قرار جمهوري نصه أنه "بعد الاطلاع على الدستور، وعلى قرار رئيس الجمهورية رقم 2782 لسنة 1971 بتعيين بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية وعلى قرار رئيس الجمهورية رقم 491 لسنة 1981 بإلغاء قرار رئيس الجمهورية السابق ذكره.. يعاد تعيين الأنبا شنودة الثالث بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية".
ولم يزر الكنيسة إلا مرتين لتأدية واجب العزاء المرة الأولى التي زار فيها مبارك الكاتدرائية كانت لحضور قداس الجنازة في يناير عام 2000، لتأدية واجب العزاء في الفريق فؤاد عزيز غالى قائد الجيش الثانى الميدانى في حرب أكتوبر، والزيارة الثانية كانت في قداس جنازة المستشار حنا ناشد عضو المكتب السياسى للحزب الوطنى المنحل، ورئيس مجلس الدولة الأسبق وذلك بمقر الكنيسة الأرثوذكسية بالكاتدرائية بالعباسية يوم 20 ديسمبر 2006، بصحبة لفيف من رجال الدولة وأعضاء الحزب الوطنى المنحل.
مرسي وإنقطاع الزيارات أما في عهد أول رئيس مدني منتخب في تاريخ مصر، انقطعت الزيارات الرئاسية إلى مقر الكاتدرائية، حيث لم يقم الرئيس السابق محمد مرسي بأي زيارات للمقر الباباوي، حتى عزله في 3 يوليو 2013.
الرئيس المؤقت و العودة وعقب تعيين المستشار عدلي منصور، رئيس المحكمة الدستورية، كرئيس مؤقت للبلاد، أجرى أول زيارة إلى الكاتدرائية في صباح يوم 5 يناير 2014، لتقديم التهنئة إلى البابا تواضروس بمناسبة عيد الميلاد المجيد.
السيسي أول رئيس منتخب يزور الكاتدرائية وقد قام الرئيس عبد الفتاح السيسي ، وفي أول احتفال لأقباط مصر بعيد الميلاد منذ توليه رئاسة الجمهورية بزيارة للكاتدرائية ليهنئ أقباط مصر بعيد الميلاد، ليقطع البابا تواضروس الثالث قداس عيد الميلاد ليستقبل الرئيس، وقام بذلك الرئيس بتسجيل اسمه في التاريخ المصري كأول رئيس منتخب يحضر القداس الخاص بالأقباط لتقديم التهنئة لهم بمناسبة عيد الميلاد المجيد. وأكد الرئيس عبد الفتاح السيسى من داخل الكاتدرائية، إنه كان من الضرورى أن يحضر إلى مقر الكاتدرائية المرقسية بالعباسية لكى يوجه للأقباط التهنئة بعيد الميلاد، مشيرا إلى أن مصر علمت العالم معني الإنسانية . الترحيب بالرئيس
وهتف الأقباط في مقر الكاتدرائية المرقسية بالعباسية، فور وصول الرئيس: "بنحبك يا سيسى"، فرد عليهم الرئيس قائلا: "أنا بحبكم أكثر ".
فيما عبر مستخدمي مواقع التواصل الإجتماعي عن إمتنانهم لموقف الرئيس من زيارة الكاتدرائية وذهابه لتهنئة الأقباط في عيدهم، مؤكدين أن ذلك يعبر عن روح المؤاخاة التي يعيشها مسلمي وأقباط مصر.
