أثار قرار إخضاع اللائحة المُنظمة لعمل مجلس النواب المقبل لرقابة المحكمة الدستورية، وفقا للدستور الجديد، فى سابقة الأولى من نوعها منذ نشأة المجلس التشريعى فى مصر، جدلا بين القانونيين والدستوريين. يرى البعض أن خضوع اللائحة المنظمة لعمل المجلس التشريعي لرقابة المحكمة الدستورية ربما يؤثر على القوانين التي تخرج من مجلس النواب، فستكون تبعية المجلس خاضعة للمحكمة وليس الشعب مثلما تعود الجميع. يقول الدكتور صلاح فوزي، عضو لجنة الخمسين لتعديل الدستور، إن الأسباب التى دفعت اللجنة إلى وضع نص يخضع اللائحة المنظمة لعمل مجلس النواب، لرقابة المحكمة الدستورية، إلغاء مبدأ "المجلس سيد قراره". وأضاف "فوزى" أن الأعمال التشريعية تنقسم إلى جزئين، الأول يتعلق بإعداد التشريعات، والتى تخضع للرقابة اللاحقة للمحكمة الدستورية بطبيعتها، والثانى يتمثل فى الأعمال البرلمانية، فكانت اللائحة الداخلية – وفقا للدساتير السابقة- تخضع تحت طائلة البرلمان وحده، لكن وفقا لنص الدستور الحالى، لم تعد اللائحة من قبيل الأعمال البرلمانية، بل خضعت لرقابة المحكمة الدستورية. من جانبه، انتقد عصام الإسلامبولي، الفقيه الدستوري، إخضاع لائحة مجلس النواب لرقابة المحكمة الدستورية، الأمر الذى قد يؤثر على استقلالية المجلس التشريعى، مضيفا: "كل القرارات الإدارية التى سيتم اتخاذها داخل المجلس وفقا للائحة الجديدة ستكون مهددة بالإلغاء فور إصدار حكم ببطلانها من المحكمة الدستورية". وفى نفس السياق، قال الدكتور محمد عبد الفتاح، أستاذ القانون الدستوري بجامعة القاهرة، إن اللائحة الداخلية لمجلس النواب مهددة بالطعن، خاصة أنها بموجب دستور 2014 فى مادته 118 تخضع لرقابة المحكمة الدستورية، الأمر الذى يهدد استقلالية مجلس النواب. وأوضح "عبد الفتاح" أن البرلمان المقبل سيكون الأخطر في تاريخ مصر، خاصة أنه المسئول عن مراجعة جميع القوانين التي صدرت منذ عهد المستشار عدلي منصور، الرئيس السابق، حتي وقتنا الحالي، مختتما: "إخضاع اللائحة الداخلية لمجلس النواب للمحكمة الدستورية، يسيس قرارات المجلس".