أثار الباحث اسلام بحيري جدلًا كبيرًا منذ بداية ظهوره الإعلامي بسبب أرائه الصادمة حول عدد من القضايا الإسلامية والتي وصلت إلى الحكم عليه ب 5 سنوات سجن بتهمة ازدراء الأديان، وهو القرار الذي اختلف عليه الكثيرون ما بين مؤيد ومعارض. وهاجم اسلام بحيري من خلال تصريحاته العديد من الشخصيات والهيئات الإسلامية، مطالبا بتنقية التراث الإسلامي -علي حد قوله- من الخرافات. اسلام البحيري يهاجم الأزهر وقياداته اسلام بحيري: أحمد بن تيمية سفاح الإسلام اسلام البحيري يصف يوسف زيدان ب"المفكر الجنسي" اسلام بحيري: البخاري سفاح ومجرم اسلام بحيري: الأئمة الأربعة "سفلة" اسلام بحيري يتجرأ علي الذات الإلهية اسلام بحيري يهاجم بعض أحاديث البخاري ومسلم اسلام بحيري: الدين ليس علمًا اسلام بحيري يدعو لتفكيك التراث الاسلامي اسلام بحيري: قصتي صلاح الدين الأيوبي وعقبة بن نافع "دمويات متخلفة"