قالت صحيفة "سودان فيجن" السودانية أن العلاقات المصرية السودانية مرت بثلاث مراحل مختلفة منذ ثورة الإنقاذ الوطنى الذى قادها الرئيس السودانى عمر البشير عام 1989 وأوضحت الصحيفة أن الجبهة الإسلامية فى السودان هى من كانت وراء الانقلاب على حكومة رئيس الوزراء وقتها الصادق المهدي الذى فاز بالانتخابات عام 1986. ورأت الصحيفة أن العلاقات الثنائية مرت بمرحلة من الجمود فى الفترة بين 1989-1999 وهى الفترة التى حكم فيها قائد الجبهة الإسلامية حسن الترابى, أدى الاتجاه الإسلامى الذى سيطر على السودان فى تلك الفترة إلى تدهور العلاقات الثنائية بالإضافة إلى أن سياسة السودان تجاه مصر حينها كانت تعتمد على المساواة والسيادة استنادا إلى الروابط التاريخية المشتركة بينهما ولكن كثيرا من السياسيين المصريين تعاملوا مع السودان باستعلاء ولم يهتموا بدور مصر الهام فى الأمن القومى. وأضافت الصحيفة أن من أكثر المشاكل المعقدة على المائدة السياسية بين البلدين هى أزمة حلايب, المنطقة الحدودية المتنازع عليها, والتى زادت عليها إغلاق السودان لفرع جامعة القاهرة بالخرطوم ولكن تحسنت العلاقات فيما بعد انفصال حزب المؤتمر الشعبي عن حزب المؤتمر الوطني فى السودان. فى مرحلة لاحقة بين عامى 1999 إلى 2005, شهدت السودان استبعاد مؤسس حزب المؤتمر الوطني حسن الترابى, الأمر الذى شجعته مصر وقام الرئيس الأسبق مبارك بتنظيم حملة لشرح تطور الوضع فى السودان إقليميا و عالميا. ظلت العلاقات الثنائية فى حالة من الثبات إلى حين ما قامت ثورات الربيع العربى وتولى الإخوان المسلمون الحكم فى مصر. وأضافت الصحيفة أن العلاقات تحسنت بين مصر والسودان فى أعقاب الثورة وهو الأمر الذى أثار قلق الكثير من الدول الغربية. لكن سرعان ما تدهورت العلاقات مرة أخرى بين البلدين عند خلع الرئيس السابق محمد مرسى وهو ما سعى الرئيس الحالى عبد الفتاح السيسى لإصلاحه بعد لقائه مع الرئيس السودانى عمر البشير مهيئا العلاقات المصرية السودانية لمرحلة جديدة. حيث قال عمر البشير عن لقائه بالرئيس "أنا أؤمن بمصداقية السيسى" بينما علق الرئيس السيسى: "نحن نريد إرادة قوية لتوثيق العلاقات مرة أخرى". أشارت الصحيفة إلى أن السياسة الجديدة التى تبناها الرئيسان بشأن وقف النزاع فى قضية حدود حلايب وعدم دعم معارضة أى من البلدين ستضمن تطورات إيجابية للبلدين ولكنها ستكون مشروطة بعدم دعم مصر للمعارضة السودانية أوتأييد الحركات المتمردة.