كشفت مصادر بوزارة الأوقاف بحكومة الانقلاب أن سر الاستقالة المفاجئة لرئيس هيئة الأوقاف بالوزارة د.صلاح الجندي رغم علاقاته الوطيدة بالوزير واجتماعه به أوقاتًا طويلة يوميًّا هي أن الجندي قام بتجهيز وتشطيب شقة فاخرة لوزير الأوقاف محمد مختار جمعة على أعلى مستوى فى منطقة المنيل على نيل القاهرة، تكلفت عدة ملايين، إلا أن خبر الشقة تسرب للأجهزة الرقابية فطالبته بتقديم استقالته فورًا، وهددته بالإحالة إلى محاكمة عاجلة. وقالت المصادر إنه كان من الأولى أن تطالب الرقابة الإدارية بإقالة الوزير الذي استغل نفوذه، وطلب من أحد موظفي الوزارة المسئول عن أوقاف الوزارة شقة فاخرة، وأجبره على تجهيزها بأعلى مستوى من أموال الوقف الإسلامي. وكانت الرقابة الإدارية قد تلقت بلاغًا بالفساد المالي للوزير مختار جمعة واستغلاله لنفوذه بالاستيلاء على شقة فاخرة بعدة ملايين بالمنيل، إلا أنها بعد أن قامت بالتحقيق معه بالوزارة على مدار أكثر من أربع ساعات طالبته فقط بتقديم استقالته إلى مختار جمعة وطالبت الوزير بقبولها، دون أن ترفع تقريرًا بإدانة جمعة الذي استغل نفوذه الوظيفي بالضغط على مدير الوقف بالوزارة. جمعة يطالب بالشفافية في توزيع شقق الوزارة وكان د. محمد مختار جمعة، وزير الأوقاف، قد أصدر قرارًا في 16 مايو 2014؛ باعتباره ناظر الوقف، بقصر الاستفادة من الشقق لأي موظف بوزارة الأوقاف سواء بديوان عام الوزارة أو بالمديريات التابعة لها أو بهيئة الأوقاف المصرية وجميع العاملين بها والمناطق التابعة لها وجميع العاملين بالمجلس الأعلى للشئون الإسلامية، على مرة واحدة في حياته الوظيفية، مكلفًا المهندس صلاح الجندي، مدير الأوقاف الذي قدم استقالته مؤخرًا بتنفيذه. ويسري ذلك القرار على جميع الوحدات التي لم يتم التعاقد عليها أو تخصيصها.. تعاقدات جديدة على الشقق القديمة المتبقية من مشروعات قديمة أو أي شقق تحت يد الهيئة؛ حتى تقوم لجنة التقدير والتثمين بالتقييم. الجديد، وفق القيمة السعرية العادلة بالسوق وأخذ موافقة مجلس الإدارة أو الإعلان بمزاد علني، حفاظًا على مال الوقف، ولتحقيق العدالة، طبقًا لقرار مختار جمعة نفسه. رشاوى الوزراء يذكر أن شقق وزارة الأوقاف تقع في مواقع مميزة في وسط القاهرة والأحياء الراقية، وتم وقفها من أصحابها لصالح العمل الخيري الإسلامي، إلا أنها تحولت خلال الخمسين سنة الأخيرة إلى رشاوى يقدمها وزراء الأوقاف لكبار المسئولين والإعلاميين، وغيرها من أصحاب النفوذ، وكان من أبرز وزراء الأوقاف السابقين الذي ضيَّع ثروة الوقف العقارية وزير الأوقاف الأسبق محمد علي محجوب، وأخيرًا محمد مختار جمعة الذي استوى على شقة في منطقة المنيل.