اعترض مجلس القضاء الأعلى على بعض المقترحات التى تضمنها مشروع الإرهاب، فيما يتعلق بتعديل النظام القضائي بشأن قضايا الإرهاب. ويرى المجلس أن موعد الطعن، يتم تعديله من 40 يومًا إلى 60 يومًا كما ينص مشروع القانون. كما اعترض المجلس أيضًا على ما تضمنه المشروع من إنشاء محاكم مختصة بجرائم الإرهاب تكون على شاكلة محكمة الأسرة، ويقتصر فقط على عمل دوائر بمحاكم الاستئناف، لنظر قضايا الإرهاب على وجه الخصوص وسرعة البت فيها. واعترض المجلس أيضًا على ما نص عليه المشروع، أن حضور المحامى الموكل من المتهم الغائب، يغنى عن حضور المتهم نفسه. ولم يحسم القضاء موقفه بشأن المقترح الذي يجعل الطعن أمام النقض على درجة واحدة، وأن تفصل النقض على الطعن موضوعيًا من تلقاء نفسها، فى حالة قبوله شكلاً بدلاً من إحالته إلى الجنايات، ويلقى هذا الاقتراح معارضة داخل المجلس لأنه يحمل شبهة بعدم الدستورية وفق صحيفة "الشروق".