بدأ صراع الإخوان مع مؤسسة القضاء مبكرًا، وهو الصراع الذي تجددت جولاته على فترات متقاربة في محاولة من الإخوان لتطويع القضاء أو تطهيره كما يقولون، في الوقت الذي يرفض فيه القضاة بشكل مستميت أن يلقوا مصير قادة المجلس العسكري. وعقب تولي الدكتور محمد مرسي رئاسة إدارة البلاد مباشرة، بدأ هذا الصراع عندما حاول الدكتور مرسي التملص من القسم أمام المحكمة الدستورية، ولكن إصرار القضاة بشدة على أن يؤدي الرئيس القسم أمام الدستورية دفع الدكتور مرسي لتلبية رغباتهم وكان أول نقطة يربحها القضاة في مواجهة الإخوان ومؤسسة الرئاسة. وربح القضاة النقطة الثانية عندما حاول الدكتور محمد مرسي في الثامن من يونيو 2012 أن يعيد البرلمان ذات الأغلبية الإخوانية المنحل بحكم المحكمة الدستورية، وحينها انتفض القضاة بقوة ضد قرار عودة البرلمان لمخالفته حكم محكمة، وهددوا الرئيس بقيادة أحمد الزند بتعليق العمل في المحاكم وأمهلوه 36 ساعة للعدول عن القرار وهو وما حدث بالفعل. ومن ثم حقق القضاة النقطة الثالثة عندما أصدر الدكتور محمد مرسي قرارًا بعزل النائب العام السابق عبد المجيد محمود في 12/ 10 / 2012 وتعيينه سفيرًا للفاتيكان، وهو ما رفضه عبد المجيد والقضاة واعتبروه تدخلاً سافرًا من السلطة التنفيذية في استقلال السلطة القضائية، وهددوا بتهديدات كثيرة ولكن سرعان ما تراجعت مؤسسة الرئاسة عن قرارها أمام هذه الهبة. وواصل القضاة انتصاراتهم بتحقيق النقطة الرابعة بعدما نشبت أزمة بين المحكمة الدستورية العليا والجمعية التأسيسية في 16 / 10 / 2012، لرفض المحكمة الدستورية جميع المواد التي تخصها في الدستور الجديد، وهو ما تم تعديلها إرضاء للدستورية بعد إعلان نادي القضاة مناصرته للمحكمة الدستورية وإمكانية اتخاذ إجراءات تصعيدية. بينما أحرز الإخوان المسلمين أولى النقاط عندما أصدر الدكتور محمد مرسي إعلانًا دستوريًا يمنع القضاء من الطعن على قراراته كما عزل به النائب العام السابق عبد المجيد محمود ليعين المستشار طلعت عبد الله خلفًا له وهو ما استمر للآن رغم ضغوط القضاة. وأشعل القضاة أقصى درجات التصعيد بتعليق العمل في العديد من المحاكم لإسقاط الإعلان الدستوري الجديد وعودة عبد المجيد محمود، وقد استطاعوا إحراز نقطة إضافية بدفع الرئيس لإلغاء الإعلان الدستوري المثير للجدل في 8 / 12 / 2012 ولكن مع بقاء آثاره حيث فشل القضاة في إقصاء طلعت عبد الله عن منصبه رغم تهديداتهم المستمرة. كما حقق الإخوان النقطة الثانية لصالحهم في معركتهم السابعة ضد القضاء عندما حاصروا المحكمة الدستورية العليا في 2/ 12 / 2012 ليمنعوا قضاتها من الدخول إليها لشلهم عن إصدار حكم بحل الجمعية التأسيسية لوضع الدستور حتى يطرح الدستور للاستفتاء وهو ما استطاع الإخوان فعله. وتأتي المعركة الثامنة والأقوى في هذه الأيام حيث توعد الإخوان بتطهير القضاء بالضغط بالمليونيات بعد حكم إخلاء سبيل الرئيس السابق حسني مبارك في قضية قتل المتظاهرين بالإضافة إلى نية الإخوان بمساعدة حزب الوسط لتعديل قانون السلطة القضائية بخفض سن المعاش وتعديل كادر القضاة وهو ما يعتبر الضربة القاضية التي ستربح الإخوان مبارزتهم مع القضاء إن تمت في الوقت الذي يتعهد فيه القضاة ببذل كل قوتهم حتى لا يتم هذا بشتى الطرق ما يطرح علامة استفهام حول الفائز في هذه المعركة.
