واجه الدكتور عبد المنعم أبو الفتوح المرشح المستقل لانتخابات رئاسة الجمهورية الذى خاض الانتخابات دون الاستناد إلى تنظيم قوى، حربًا شرسة فى أول انتخابات رئاسة تجرى فى مصر بعد الثورة من أعدائه وأنصاره على السوء، فجماعة "الإخوان المسلمين" التى يعد باعثها الثانى بعد مؤسسها حسن البنا ناصبته العداء ولوحت بسيف الفصل والتجميد لأى عضو من أعضائه يصوت لصالحه، وهو السلاح الذى حرمه من أصوات قطاع كبير من شباب "الإخوان". لم تقف الحرب عند هذا الحد، فالمرشح الذى أخذ وعدًا صريحًا من "الدعوة السلفية" وحزب "النور" بدعمه خلال الانتخابات الرئاسية لم يجد لهذا الدعم ترجمة على أرض الواقع؛ فالأغلبية الساحقة من أبناء التيار السلفى وأعضاء حزب "النور" صوتوا للدكتور محمد مرسى مرشح "الإخوان المسلمين". وجاء ذلك على الرغم من الضغوط الشديدة التى مارسها الدكتور ياسر برهامى، نائب رئيس "الدعوة السلفية"، وذراعها السياسية على أنصاره لدعم أبو الفتوح، بل إنه أدلى بتصريحات تحذر من إقصاء الإخوان للدعوة السلفية، إلا أن هذه المخاوف لم تجد أذنًا صاغية لدى أنصاره. والدليل على ذلك هو أن أبو الفتوح لم يحصل على المركز الأول فى الإسكندرية، التى تشكل المعقل الرئيسى للتيار السلفى، حيث تصدر المرشح المستقل حمدين صباحى وحلَّ أبو الفتوح ثانيًا. وفيما اعتبر البعض هذا الأمر دليلاً على عدم جدية "الدعوة السلفية" فى دعم أبو الفتوح، رفض نادر بكار المتحدث الرسمى لحزب "النور" الاتهام، مؤكدًا دعم أبناء المدرسة السلفية بالإسكندرية لأبو الفتوح واستجابتهم لقرارات الهيئة العليا. ونفى بكار ما تردد عن دعم القطاع الأكبر من السلفيين بالإسكندرية لمرسى، مشيرا إلى أن أبو الفتوح حلَّ فى الترتيب الثانى فى مدينة الإسكندرية، مما يشير لتأييد عدد كبير من أبناء الدعوة السلفية له. ما ذهب إليه بكار يخالف ما يعتقده مراقبون ومنهم الدكتور محمد الجوادى المفكر السياسى المعروف، الذى يرى أن تفوق صباحى فى الإسكندرية أثار شكوكًا واسعة فى جدية دعم التيار السلفى لأبو الفتوح، بل أشار إلى أن قطاعًا واسعًا منهم صوت لصالح مرسى اقتناعًا من كونه الأقرب للمشروع الإسلامى، وهو ما سدد رصاصة الرحمة على فرص أبو الفتوح فى خوض جولة الإعادة على الأقل. كما لم يحظ أبو الفتوح بالدعم المأمول من قبل "الجماعة الإسلامية" الفصيل الإسلامى صاحب الثقل فى صعيد مصر إذ أظهرت الأرقام أن دعم الجماعة له لم يكن جديًا، بل إن الأيام السابقة للانتخابات شهدت صدور فتوى موقعة من قطبين بارزين فى الجماعة، هما الدكتور عبد الآخر حماد مفتى الجماعة، والمهندس أسامة حافظ أحد القيادات التاريخية ل "الجماعة الإسلامية" فتحت الباب أمام كوادر الجماعة لانتخاب مَن يرونه صالحًا للمشروع الإسلامى بل إنها أباحت الخروج على قرار الجمعية العمومية القاضى بدعم أبو الفتوح. وظهر انقسام الجماعة واضحًا فى عدم حصول أبو الفتوح على المركز الأول فى محافظتى المنيا وأسيوط وسوهاج، التى تشكل مراكز ثقل شديدة ل "الجماعة الإسلامية"، بل إن قيادات من الوزن الثقيل داخل الجماعة لم تخفِ دعمها لمرسى. بدوره رأى الشيخ عبود الزمر عضو مجلس شورى الجماعة الإسلامية إلى وجود تباين من البداية داخل "الجماعة الإسلامية"، فيما أيد مجلس الشورى دعم مرسى جاءت رغبة الجمعية العمومية بالوقوف وراء أبو الفتوح بل إن الجماعة رضخت لإرادة الجمعية العمومية ونظمت مؤتمرات داعمة لأبو الفتوح. وتابع الزمر: هناك مَن رأى أن وقوف تيار سياسى قوى مثل الإخوان وراء مرسى سيمده بشىء من القوة فى مواجهة العسكر والفلول بشكل حدا بعدد من أبناء الجماعة لتأييد مرسى.
