بعد أن علم البنا بنية النقراشى حل الجماعة حاول مقابلة الملك، لكنه لم ينجح، فبعث إليه برسالة عن طريق مدير الأمن العام أحمد مرتضى المراغى، الذى حاول تدبير لقاء بين النقراشى والبنا، لكن البنا رفض ولاحقا قال النقراشى ل«المراغى» هل تريد أن تقر الإرهاب وتعترف بشرعية الإخوان؟ وهل تسمح لهذه الجماعة بالتمادى؟ لماذا قابلته أصلا؟ ولما عدل البنا عن قراره وأراد لقاء النقراشى وذهب إليه رفض النقراشى مقابلته وبدأت حملة الاعتقالات، خاصة بعد الهزيمة فىحرب فلسطين، وصدر قرار بحل الجماعة نشر فى الصحف، وبدأ استهداف القيادات الإخوانية، واستثمرت الحكومة أعمال الشغب التى وقعت فى نوفمبر 1948، ولاحقت الإخوان وأسرع أعضاء الجماعة وأشقاء البنا عبدالرحمن وعبدالباسط ومحمد إلى دار المركز العام للجماعة فى الحلمية الجديدة فوجدوا البنا ومعه صفوة من قيادات الإخوان، ولم تمض سوى دقائق حتى داهمت السيارات المصفحة المكان واقتحمته، وقال ضابط الحملة للبنا عندى أوامر بالقبض على كل الموجودين إلا أنت وأنا عبدالمأمور وأرجو تسهيل مهمتى، فحاول البنا الصعود إلى إحدى سيارات الشرطة، ولكن الجنود والضابط منعوه، وقالوا إنهم ليس لديهم أوامر باعتقاله فقال البنا لماذا تأخذون هؤلاء بجريرتى، إذا كان الإخوان عصابة إجرامية فأنا رئيسها وأنا الأولى بالاعتقال، وركب معهم وفى المحافظة رفضوا القبض عليه وأخلوا سبيله واستمرت حملة الاعتقالات وبقى حسن البنا طليقا ينتظره مصير مختلف، ثم وقع اغتيال النقراشى فى 28 ديسمبر 1948 على يد الشاب الإخوانى عبدالمجيد أحمد حسن وكتب البنا بيانه الشهير «ليسوا إخوانا وليسوا مسلمين» ثم تم التخطيط لتصفية البنا جسديا ولم يعد له حارس سوى شقيقه ضابط الشرطة (عبدالباسط) وقد تم القبض عليه وبقى البنا وحيدا، فكتب إلى محافظ القاهرة فؤاد شيرين يقول إنه مهدد بالقتل وطلب توفير حراسة، على نفقته، كما تمت مصادرة السيارة الخاصة لسكرتير عام الجماعة، وقطعت خطوط التليفون عنه، وتم تضييق الخناق عليه، وتعاظم نفوذ الحكمدار محمود عبدالمجيد المعروف بعنفه وندب معه اليوزباشى عبده أرمانيوس والبكباشى أمين حلمى والرائد حسين كامل والمخبر الأومباشى أحمد حسين جاد والمخبر حسين محمدين رضوان والجاويش محمد سعيد إسماعيل، وتكررت محاولات اغتيال البنا وتم منعه من السفر وصار مبنى الشبان المسلمين هو المكان الوحيد الذى يتردد عليه، وأحس البنا بأن الموت يتعقبه، وفى هذا المبنى كان يلتقى الهضيبى، الذى اختير مرشدا للجماعة. وفتح البنا الباب للتفاهم مع رئيس الحكومة، لكنه لم يوفق وبعد تقديمه تعهدات بأن يرشد الحكومة لأماكن الأسلحة ومحطة الإذاعة الإخوانية السرية مقابل الإفراج عن المعتقلين من أفراد الجماعة وبوساطة من وزير الدولة محمد زكى على باشا الذى اتصل برئيس الوزراء إبراهيم عبدالهادى، الذى أراد إثبات حسن النية من قبل البنا بالإرشاد عن الأشخاص، الذين لديهم أسلحة وعن محطة الإذاعة، ووافق رئيس الوزراء على لقاء البنا فى14 فبراير وعاد محمد الناغى إلى جمعية الشبان المسلمين ظهرا، وطلب من سكرتيرها محمد الليثى مقابلة البنا الذى استجاب بعد تردد وطلب من صهره عبدالكريم منصور أن يصحبه ولاحظ منصور وجود شخص على دراجة أمام البيت انطلق عندما لمحهما وآخرين يراقبونهما من داخل تاكسى واستقل البنا وصهره سيارة تاكسى ولاحظ منصور أن ثمة سيارة تتبعهما حتى باب جمعية الشبان المسلمين، ووصل البنا وجلس مع محمد الناغى فى مكتبه بالدور الأول بالجمعية وعرض الناغى شروط رئيس الوزراء علىالشيخ البنا، الذى أبدى عجزه عن تحقيق المطلوب، وهو مكتوف الأيدى ومحاصر ومعظم قيادات الجماعة فى السجون فاتصل الناغى بزكى على باشا يبلغه شرط البنا بالإفراج عن الإخوان المعتقلين، للحصول منهم على المعلومات المطلوبة، فلم يجد الوزير فىالمنزل فصلى الليثى والبنا المغرب والعشاء وطال الانتظار وانصرف الناغى بعد فشله فى الوصول إلى الوزير واستعد البنا للانصراف على وعد باللقاء فى اليوم التالى للقيام بمحاولة جديدة. وعلى الجانب الآخر كان يتم إعداد العدة لتصفية البنا، وفى مساء السبت 12 فبراير طلب العقيد محمود عبدالمجيد من سائق سيارته محمد محفوظ أن يتجه إلى شارع عبدالخالق ثروت، وأن ينتظر بسيارته عند نادى نقابة الصحفيين قرب جمعية الشبان المسلمين، ويجعل مقدمة السيارة فى اتجاه عبدالخالق ثروت، قال له إذا حضر اثنان يرتديان الملابس البلدية وركبا السيارة أحضرهما إلى فى فندق إيدن، وكان البنا داخل الجمعية وطلب صهر البنا من ساعى الجمعية إحضار تاكسى ونزلا وودعهما الليثى حتى الباب ودق جرس الهاتف فى مكتب الليثى، ولاحظ صهر البنا (منصور) أن شارع نازلى (رمسيس) هادئ جدا وأنواره خافتة فسأل البنا (الساعة كام؟) ورد البنا: الثامنة فقال منصور: مستحيل إحنا فى آخر الليل. تركهما الليثى ودخل يرد على الهاتف، ولاحظ عبدالكريم منصور وجود ثلاثة رجال يقفون على ناصية الشارع من بينهم شرطى يعرفه فقد فتشهما فى محكمة الاستئناف من قبل، فى قضية حل جماعة الإخوان. أصر البنا على أن يركب صهره التاكسى أولا ثم تبعه إلى داخله وأدار السائق على محمد نفادى محرك السيارة، وقبل أن يحدد البنا وجهته تقدم رجل يرتدى ملابس بلدية ويضع شالا حول عنقه «لثاما» لإخفاء شخصيته، وفتح الرجل باب السيارة من الناحية التى يجلس فيها البنا، وأخذ يطلق عليه النار، ونام المرشد فى أرضية السيارة، وهو يخفى رأسه بيديه وفتح الرجل الباب مرة أخرى وأخذ يواصل إطلاق النار، وفى نفس الوقت جاء رجل يرتدى جلبابا أبيض وبالطو وتلفيعة من ناحية عبدالكريم منصور الذى حاول فتح باب السيارة فقاومه الرجل ليمنعه من الخروج وهشم المخبر زجاج السيارة، وأسرع الليثى على صوت الطلقات فخرج تاركا الهاتف، فلما رأى ما يجرى صاح: إمسك إمسك فأطلق عليه أحد الرجلين الرصاص، فهرول إلى داخل الجمعية وارتفع صوت رجل آخر: «حلق حوش» ورأى الليثى شخصا آخر يلاحق الجانى فظنه يطارده، وكان السائق محمد محفوظ منتظرا بسيارته فى مكانه أمام نادى نقابة الصحفيين فجاء أحمد حسين جاد وشخص آخر يدعى مصطفى فاستقلا السيارة التى رآها الليثى تسرع بعيدا عن المنطقة، وفى الوقت نفسه كان يجلس على المقهى المواجه للجمعية الجاويش محمد سعيد إسماعيل والأومباشى حسين محمدين رضوان بملابسهما الرسمية ليتسلما القاتلين إذا ما قبض عليهما الناس وعاد الليثى إلى الجمعية ليمسك بسماعة التليفون التى تركها مرفوعة ليجد المتحدث المقدم محمد الجزار فقال لقد أطلقوا النار علىالشيخ حسن.. فسأله الجزار: مات؟ وحين توقف الرصاص اندفع البنا خارج سيارته، وكأنه فى كامل عافيته، وأخذ يتعقب الجناة، فلم يلحق بهما فعاد إلى الجمعية وهو يصيح: قتلت قتلت.. هاتوا الإسعاف وحاول الوصول إلى الهاتف عبثا فعاد إلى التاكسى وقاد السائق السيارة إلى جمعية الإسعاف القريبة، وهناك قال البنا: «إلحقنى يا دكتور.. مفيش فايدة أنا ح أموت» ورغم ذلك ظل متماسكا أمام الطبيب محمد طلعت الذى وجده فى حالة سيئة ثم استقل الليثى سيارة الإسعاف وفيها البنا إلى مستشفى قصر العينى وهناك لم يجدوا الطبيب المناوب فبحثوا عن الدكتور على السباعى فى بيته واستدعوه من على أحد مقاهى مصر الجديدة وكان الشيخ فى حالة معنوية قوية وطلب إنقاذ صهره أولا وتبين أن البنا أصيب بسبعة عيارات نارية وصهره أصيب باثنين فى تلك الأثناء وصل إلى مقر الجمعية رجل يسأل أين ذهب الشيخ فقالوا له فى قصر العينى فذهب إلى هناك على الفور، وحاول دخول الغرفة فمنعه الأطباء وأبلغه الليثى برقم السيارة التى هرب فيها الجناة فنظر له الرجل بسخرية، تركه دون أن يرد عليه ولم يكن هذا الضابط سوى المقدم محمد وصفى قائد حرس الوزارات أحد أركان المؤامرة، وتوفى البنا فى مستشفى قصر العينى.
